<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=utf-8"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">Hi Gijs,<div class=""><br class=""></div><div class="">&nbsp; Chimera can probably directly read your HDF density map if you have it read it using Chimera map format. &nbsp;If you use File / Open… in Chimera and choose File Type: All (ask type) and specify Chimera map. &nbsp;It won’t get the grid spacing but it will look in the HDF5 file for any 3d arrays and show them. &nbsp;The format of this Chimera specific density map is briefly described at the top of the Python code</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span><a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/trac/chimera/browser/trunk/libs/VolumeData/cmap/cmap_format.py" class="">http://plato.cgl.ucsf.edu/trac/chimera/browser/trunk/libs/VolumeData/cmap/cmap_format.py</a></div><div class=""><br class=""></div><div class="">which is included in your Chimera distribution in</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>chimera/share/VolumeData/cmap/cmap_format.py</div><div class=""><br class=""></div><div class="">or on Mac</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>Chimera.app/Contents/Resources/share/VolumeData/cmap/cmap_format.py</div><div class=""><br class=""></div><div class="">If you wanted other software to read your files you might instead use the format used by EMDB, namely CCP4 or MRC:</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span><a href="http://www.emdatabank.org/mapformat.html" class="">http://www.emdatabank.org/mapformat.html</a></div><div class=""><br class=""></div><div class="">For an example of Python code that reads and writes that format you can look in Chimera</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>chimera/share/VolumeData/mrc/mrc_format.py</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>chimera/share/VolumeData/mrc/writemrc.py</div><div class=""><br class=""></div><div class="">&nbsp; Tom</div><div class=""><br class=""><div class=""><br class=""></div><div class=""><br class=""><div><blockquote type="cite" class=""><div class="">On Oct 12, 2015, at 7:26 PM, gijs wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><div class=""><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=us-ascii" class=""><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; " class="">Dear Sir/Madam.<div class=""><br class=""></div><div class="">First of all I want to complement the chimera team for writing a fantastic package for view macromolecular complexes.&nbsp;</div><div class=""><br class=""></div><div class="">I am a researcher from the coherent X-ray diffraction community and we are also producing 3D models using our software [1]. However, we write data in a hdf5 format. Would you be interested to incorporate our file system into your package, or, and I think this is for now the better solution, could you provide a way I can write my hdf5 file to a chimera readable format and visa versa? For instance, I am trying to open a .map file from the EM databank, but do not know to exactly how to convert it. Are there tools? What file tree in hdf5 do I need?</div><div class=""><br class=""></div><div class="">With kind regards,</div><div class="">Gijs van der Schot</div><div class=""><br class=""></div><div class="">[1] &nbsp;<a href="http://journals.aps.org/prl/abstract/10.1103/PhysRevLett.114.098102" class="">http://journals.aps.org/prl/abstract/10.1103/PhysRevLett.114.098102</a></div><div class=""><br class=""></div><div class=""><br class=""></div></div>_______________________________________________<br class="">Chimera-users mailing list<br class=""><a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu" class="">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br class="">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users<br class=""></div></blockquote></div><br class=""></div></div></body></html>