<div dir="ltr"><div><div><div>Elaine:<br><blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex" class="gmail_quote">If you are only superimposing one pair of atoms (one atom in one model, 
another in a different model), an easy way is to just select the two 
atoms (ctrl-click, Shift-ctrl-click) and then use command: match sel<br></blockquote>
<br></div>That worked nicely, the fake atom brought all its connections with. I had only to combine the generated models (on saving pdb), deleting the original metal atoms.<br><br></div>Thanks<br></div>francesco<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Oct 12, 2015 at 9:06 PM, Elaine Meng <span dir="ltr"><<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu" target="_blank">meng@cgl.ucsf.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Francesco,<br>
You would use the “match” command.  The atoms don’t need to have the same names since they are specified in the command.  Of course, if you are matching fewer than 3 pairs of atoms, the superposition will not be unique.  It will still work, but there will be a warning.<br>
<br>
If you are only superimposing one pair of atoms (one atom in one model, another in a different model), an easy way is to just select the two atoms (ctrl-click, Shift-ctrl-click) and then use command: match sel<br>
<br>
That will move the model containing the atom you selected first.  Otherwise you could specify atoms in the normal command-line way by model number, residue number or name, chain ID, and atom name.<br>
<br>
<<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/match.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/match.html</a>><br>
<<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/atom_spec.html#basic" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/atom_spec.html#basic</a>><br>
<br>
I hope this helps,<br>
Elaine<br>
----------<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.<br>
UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
<br>
> On Oct 12, 2015, at 10:12 AM, Francesco Pietra <<a href="mailto:chiendarret@gmail.com">chiendarret@gmail.com</a>> wrote:<br>
><br>
> Hello;<br>
><br>
> Ho to superimpose a fake atom (pdb file available) to a coordiated metal in a protein? I could change the name of the fake atom to that of the metal, but then I need an rmsd overlay.<br>
><br>
> hope it is clear. thanks<br>
><br>
> francesco pietra<br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br></div>