<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=windows-1252"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">Hi Carlos,<div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>I think you are going to have to resort to Python here. &nbsp;First, look at this page for a basic example of how to loop over some files and do something with them in Chimera/Python:</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><a href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/ProgrammersGuide/basicPrimer.html" class="">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/ProgrammersGuide/basicPrimer.html</a></div><div class=""><br class=""></div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>You form the C-N peptide bond using the <i class="">cnPeptideBond</i>&nbsp;function from the <i class="">BuildStructure</i>&nbsp;module. &nbsp;Here’s a pseudocode fragment to form the bond:</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>runCommand(“sel atom-spec-to-select-the-N-and-the-C”)</div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>from chimera.selection import currentAtoms</div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>n, c = currentAtoms()</div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>if n.element.name != “N”:</div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">                </span># the atoms were in the other order, swap them</div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">                </span>n, c = c, n</div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>from BuildStructure import cnPeptideBond</div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>cnPeptideBond(c, n, c, 1.33, 180.0, phi=-120.0)</div><div class=""><br class=""></div><div class="">You might want to put the above in yet another loop so that you could try various phi angles. &nbsp;Naturally you would have to break the bond before trying another value, probably with the ~bond command.</div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>You might also want to directly measure the clashes in the script rather than write them out to a file. &nbsp;You do that with the <i class="">detectClash</i>&nbsp;function in the <i class="">DetectClash</i>&nbsp;module. &nbsp;Here’s more pseudocode:</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>runCommand(“sel atom-spec to select the C-terminal tail”)</div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>from chimera.selection import currentAtoms</div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>from DetectClash import detectClash</div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>num_clashing_atoms = len(detectClash(currentAtoms()))</div><div class=""><br class=""></div><div class="">Good luck!</div><div class=""><br class=""></div><div class="">—Eric</div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span><br class=""><div apple-content-edited="true" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class=""><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;">        </span>Eric Pettersen</div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;">        </span>UCSF Computer Graphics Lab</div><div class=""><br class=""></div></div><br class=""></div><div><blockquote type="cite" class=""><div class="">On Oct 6, 2015, at 1:49 PM, Carlos Gonzalez Oliver, Mr &lt;<a href="mailto:carlos.gonzalezoliver@mail.mcgill.ca" class="">carlos.gonzalezoliver@mail.mcgill.ca</a>&gt; wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><div class="">

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1" class="">

<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
Dear Chimera,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I have been trying to use Join Models to make a C-N bond between the globular domain of a protein and a region of it (a C-terminal tail) whose structure I simulated using MD.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">However, when I do the joining with Join Models C-N bond option, I get some serious steric clashes. I have tried to resolve them by hand by adjusting the bond's torsion and angles but it is too complicated.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Other than trying to use other software to minimize clashes, I think I might have to use a brute force method and try a bunch of the structures my MD generated until one of them works.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">So what I am trying to do now is write a script to do the model joining automatically with many different structures that I generated, and return the one with the least number of clashes.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">But I haven't been able to find a command line equivalent of the Join Models window.. I was wondering if you know if such a command exists, if not what combination of commands would work? (for repositioning the models and forming the bond)</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Thanks!</div>
<br class="">
<br class="">
<div class="">
<div style="letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div class="">--</div>
<div class="">Carlos G. Oliver</div>
<div class="">M.Sc. Student</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Vogel Lab</div>
<div class="">Department of Biology</div>
<div class="">McGill University</div>
<div class="">Montréal, QC, Canada</div>
<div class=""><br class="">
</div>
</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<br class="Apple-interchange-newline">
</div>
<br class="">
</div>

_______________________________________________<br class="">Chimera-users mailing list<br class=""><a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu" class="">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br class="">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users<br class=""></div></blockquote></div><br class=""></div></body></html>