<html>

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">

</head>

<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;">

Dear Chimera,

<div><br>

</div>

<div>I have been trying to use Join Models to make a C-N bond between the globular domain of a protein and a region of it (a C-terminal tail) whose structure I simulated using MD.</div>

<div><br>

</div>

<div>However, when I do the joining with Join Models C-N bond option, I get some serious steric clashes. I have tried to resolve them by hand by adjusting the bond's torsion and angles but it is too complicated.</div>

<div><br>

</div>

<div>Other than trying to use other software to minimize clashes, I think I might have to use a brute force method and try a bunch of the structures my MD generated until one of them works.</div>

<div><br>

</div>

<div>So what I am trying to do now is write a script to do the model joining automatically with many different structures that I generated, and return the one with the least number of clashes.</div>

<div><br>

</div>

<div>But I haven't been able to find a command line equivalent of the Join Models window.. I was wondering if you know if such a command exists, if not what combination of commands would work? (for repositioning the models and forming the bond)</div>

<div><br>

</div>

<div>Thanks!</div>

<br>

<br>

<div>

<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;">

<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;">

<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;">

<div>--</div>

<div>Carlos G. Oliver</div>

<div>M.Sc. Student</div>

<div><br>

</div>

<div>Vogel Lab</div>

<div>Department of Biology</div>

<div>McGill University</div>

<div>Montréal, QC, Canada</div>

<div><br>

</div>

</div>

<br class="Apple-interchange-newline">

</div>

<br class="Apple-interchange-newline">

</div>

<br class="Apple-interchange-newline">

<br class="Apple-interchange-newline">

</div>

<br>

</body>

</html>