<html><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;">Hi Oliver,<div class="">Thanks for the suggestion. &nbsp;Currently there is something like this in a different context: given a query sequence, the MultiDomain Assembler (command “mda”) finds known related structures and arranges them left-&gt;right according to N-&gt;C of the query. &nbsp;Where the sequence is not covered by structural data, it draws spheres of different sizes representing the lengths of the gaps. &nbsp;More info including example images (and another image is attached below):</div><div class=""><br class=""></div><div class="">&lt;<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/features.html#mda" class="">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/features.html#mda</a>&gt;</div><div class="">&lt;<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/mda.html" class="">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/mda.html</a>&gt;</div><div class=""><br class=""></div><div class="">Not sure if the associated code may be useful, because in that case one is not constrained to connect specific points in space. &nbsp;Nevertheless, just thought I’d mention it…</div><div class="">Best,</div><div class="">Elaine<br class=""><div class="">----------<br class="">Elaine C. Meng, Ph.D.&nbsp;<br class="">UCSF&nbsp;Computer&nbsp;Graphics&nbsp;Lab&nbsp;(Chimera&nbsp;team)&nbsp;and&nbsp;Babbitt&nbsp;Lab<br class="">Department&nbsp;of&nbsp;Pharmaceutical&nbsp;Chemistry<br class="">University&nbsp;of&nbsp;California,&nbsp;San&nbsp;Francisco<br class=""><br class=""><img height="190" width="600" apple-width="yes" apple-height="yes" apple-inline="yes" id="8ABAD131-F63E-4F95-8921-38848141F8A6" src="cid:0BC8C8F9-C252-4B0C-946A-9E683802E4A0@compbio.ucsf.edu" class=""></div><br class=""><blockquote type="cite" class="">On Sep 26, 2015, at 12:36 PM, Oliver Clarke &lt;<a href="mailto:olibclarke@gmail.com" class="">olibclarke@gmail.com</a>&gt; wrote:<br class=""><br class="">Hi all,<br class=""><br class="">I think it would be handy, in a future version of chimera, to have an option to represent missing segments in a manner that is proportional to the volume of protein missing - this would be&nbsp;very useful for getting a sense of which chain breaks correspond to very large missing regions (e.g. whole domains), and which correspond to short linkers or loops that are missing.<br class=""><br class="">For example, in the structure of the ryanodine receptor, there are missing segments ranging in length from ~5-250 residues in length - it would be very handy to be able to get a quick&nbsp;sense, upon first opening a structure, about what fraction of the crystallized or reconstructed protein is actually present in the model.<br class=""><br class="">I can think of a couple of ways of doing this. One way would be to associate an attribute with each missing segment, corresponding to the number of missing residues, and allow the user&nbsp;to scale the radius, color or opacity of the missing segments in proportion to this value (maybe this attribute already exists somewhere internally?).<br class=""><br class="">Another way might be to create a completely different missing segment representation - perhaps an ellipsoid, with the ends of the ellipsoid at the N and C-terminal breakpoints, and the&nbsp;volume of the ellipsoid scaled to the volume of a random polymer of the known number of missing residues.<br class=""><br class="">I would try to do this myself by creating an extension, but I don’t really know where to start to get the information that would be required - I don’t know how to iterate over all missing&nbsp;segments, calculate the number of residues in each, and create a new representation. I guess there is probably a list somewhere in Chimera corresponding to the missing segments and&nbsp;their properties, but I have no idea how to find it.<br class=""><br class="">Cheers,<br class="">Oliver.<br class=""></blockquote><br class=""></div></body></html>