<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=us-ascii"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">Hi Mohan,<div class=""><br class=""></div><div class="">&nbsp; What you suggest is not correct. &nbsp;I don't know if your map is from x-ray crystallography or electron microscopy but in both cases the map values are not literally "density" (ie mass per unit volume). &nbsp;The processing of the maps often introduces negative values, and often puts the most common map value (peak histogram) at zero or even a negative value. &nbsp;As Elaine, suggested you would need to ask someone expert in the processing of maps. &nbsp;Chimera only uses the numeric values in the map file, it knows nothing about how those values relate to physical properties. &nbsp;I have never seen an attempt to quantify mass density with x-ray or EM of biological samples. &nbsp;X-ray researchers instead usually look at a iso-contour 1 or 1.5 or 2 standard deviations above the mean map value.</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>Tom</div><div class=""><br class=""><div><blockquote type="cite" class=""><div class="">On Sep 8, 2015, at 1:52 AM, Mohan Pradhan wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><div class=""><div class=""><div style="background-color: rgb(255, 255, 255); font-family: 'bookman old style', 'new york', times, serif; font-size: 16px;" class=""><div id="yui_3_16_0_1_1441700760653_6921" class="">Dear Chimera users,</div><div id="yui_3_16_0_1_1441700760653_6921" class=""><br id="yui_3_16_0_1_1441700760653_7031" class=""></div><div id="yui_3_16_0_1_1441700760653_6921" class="">I am using the Volume Viewer application in Chimera to visualize the solvent density around protein at a threshold value of 2.5 times of the bulk solvent density.</div><div id="yui_3_16_0_1_1441700760653_6921" class=""><br id="yui_3_16_0_1_1441700760653_7035" class=""></div><div id="yui_3_16_0_1_1441700760653_6921" class="">My understanding is that the iso value corresponding to the bulk solvent density is marked by the peak in the plot of the volume viewer. I am then multiplying the iso value of the peak by 2.5</div><div id="yui_3_16_0_1_1441700760653_6921" class="">Is this the right way of identifying regions in protein that have a solvent density of 2.5 times of the bulk solvent density?</div><div id="yui_3_16_0_1_1441700760653_6921" class=""><br id="yui_3_16_0_1_1441700760653_7040" class=""></div><div id="yui_3_16_0_1_1441700760653_6921" class="">Kindly suggest.</div><div id="yui_3_16_0_1_1441700760653_6921" class=""><br id="yui_3_16_0_1_1441700760653_7044" class=""></div><div id="yui_3_16_0_1_1441700760653_6921" class="">Thanks,</div><div id="yui_3_16_0_1_1441700760653_6921" dir="ltr" class="">Mohan</div></div></div>_______________________________________________<br class="">Chimera-users mailing list<br class=""><a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu" class="">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br class="">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users<br class=""></div></blockquote></div><br class=""></div></body></html>