
<html><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:bookman old style, new york, times, serif;font-size:16px"><div id="yui_3_16_0_1_1441700760653_6921" class="">Dear Chimera users,</div><div id="yui_3_16_0_1_1441700760653_6921" class=""><br id="yui_3_16_0_1_1441700760653_7031" class=""></div><div id="yui_3_16_0_1_1441700760653_6921" class="">I am using the Volume Viewer application in Chimera to visualize the solvent density around protein at a threshold value of 2.5 times of the bulk solvent density.</div><div id="yui_3_16_0_1_1441700760653_6921" class=""><br id="yui_3_16_0_1_1441700760653_7035" class=""></div><div id="yui_3_16_0_1_1441700760653_6921" class="">My understanding is that the iso value corresponding to the bulk solvent density is marked by the peak in the plot of the volume viewer. I am then multiplying the iso value of the peak by 2.5</div><div id="yui_3_16_0_1_1441700760653_6921" class="">Is this the right way of identifying regions in protein that have a solvent density of 2.5 times of the bulk solvent density?</div><div id="yui_3_16_0_1_1441700760653_6921" class=""><br id="yui_3_16_0_1_1441700760653_7040" class=""></div><div id="yui_3_16_0_1_1441700760653_6921" class="">Kindly suggest.</div><div id="yui_3_16_0_1_1441700760653_6921" class=""><br id="yui_3_16_0_1_1441700760653_7044" class=""></div><div id="yui_3_16_0_1_1441700760653_6921" class="">Thanks,</div><div id="yui_3_16_0_1_1441700760653_6921" dir="ltr" class="">Mohan</div></div></body></html>