<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=utf-8"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">Hi Peggy,<div class=""><br class=""></div><div class="">&nbsp; To average two aligned 3d maps use the Chimera "vop add" command:</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>vop add #0,1 scaleFactors 0.5,0.5</div><div class=""><br class=""></div><div class="">which will create a new map. &nbsp;If the two maps have different intensity normalization than you probably want to normalize them to have the same intensities in getting the average. &nbsp;For instance if the intensity values for map #1 are 10 times greater than map #0 I would instead use</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>vop add #0,1 scaleFactors 0.5,0.05</div><div class=""><br class=""></div><div class="">to reduce the map #1 intensity by a factor of 10. &nbsp;More info on vop add is in the Chimera manual</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span><a href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/current/docs/UsersGuide/midas/vop.html#add" class="">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/current/docs/UsersGuide/midas/vop.html#add</a></div><div class=""><br class=""></div><div class="">&nbsp; The numbers in the reply log after using Fit Map give the motion required for the alignment. &nbsp;The 3 row, 4 column matrix gives the 3x3 rotation matrix in the first 3 columns and the translation in the 4th column. &nbsp;In your screen image, the translation is 0.92, 6.14, -0.04 so about 6 units in y. &nbsp;Since your maps are from TIF images, Chimera may not know the pixel size (unless it is an OMETIFF), and will take it to be 1, so the shift of 6 units would be 6 pixels. &nbsp;If Chimera does know the pixel size, say it is 0.2 microns, then it would have reported the shift as 1.2 in the reply log, since those numbers use physical units. &nbsp;With light microscopy your z-spacing is usually different from x and y. &nbsp;So you may want to set the correct numbers. &nbsp;This is done in the Volume Viewer dialog, menu Features / Coordinates, the voxel size field. &nbsp;For instance for x,y,z grid spacings 0.2, 0.2 and 0.3 microns enter 0.2 0.2 0.3. &nbsp;This will be important if Fit Map rotates the image in doing the alignment. &nbsp;More info on fitmap is in the Chimera manual.</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span><a href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/current/docs/ContributedSoftware/fitmaps/fitmaps.html" class="">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/current/docs/ContributedSoftware/fitmaps/fitmaps.html</a></div><div class=""><br class=""></div><div class="">Chimera does not optimize scaling, so if your images have different magnification you will have to figure out a way to get them to the same magnification.</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>Tom</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><br class=""></div><div class=""><div><blockquote type="cite" class=""><div class="">On Sep 7, 2015, at 5:08 PM, 許紹君 wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><div class=""><div class="WordSection1" style="page: WordSection1; font-family: Helvetica; font-size: 18px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;"><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span lang="EN-US" class="">To whom it may concern,<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span lang="EN-US" class="">&nbsp;</span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span lang="EN-US" class="">I am willing to use Chimera for aligning several images from the structure illumination microscope (SIM).<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span lang="EN-US" class="">Here is the surface maps generated by Chimera from two images.<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span lang="EN-US" class="">&lt;image001.jpg&gt;</span><span lang="EN-US" class=""><o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span lang="EN-US" class="">&nbsp;</span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span lang="EN-US" class="">After alignment by the tool “Fit in Map”, they are aligned very well.<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span lang="EN-US" class="">&lt;image002.jpg&gt;</span><span lang="EN-US" class=""><o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span lang="EN-US" class="">&nbsp;</span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span lang="EN-US" class="">My next step is to average the intensity from two aligned images and generate a new map which will be used to fit other images.<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span lang="EN-US" class="">Can anyone tell me how to do it in Chimera?<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span lang="EN-US" class="">By the way, please also tell me what the values mean in the reply log.<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span lang="EN-US" class="">&lt;image003.jpg&gt;</span><span lang="EN-US" class=""><o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span lang="EN-US" class="">&nbsp;</span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span lang="EN-US" class="">It helps me to use another software to complete the mission, if I can get the rotation, voxel shift, or even scaling values from the alignment.<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span lang="EN-US" class="">Thank you!<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span lang="EN-US" class="">&nbsp;</span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span lang="EN-US" class="">&nbsp;</span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span lang="EN-US" class="">&nbsp;</span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span lang="EN-US" class="">&nbsp;</span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span lang="EN-US" class="">&nbsp;</span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span lang="EN-US" class="">All Best,<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span lang="EN-US" style="font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">Peggy Hsu, PhD<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span lang="EN-US" style="font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">Institute of Cellular and Organismic Biology, Academia Sinica<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span lang="EN-US" style="font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">128 Academia Rd Sec 2, Nankang,<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span lang="EN-US" style="font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">Taipei 11529, Taiwan<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span lang="EN-US" style="font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">Tel: 886-2-2787-1531 (O)<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span lang="EN-US" style="font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">email:<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><a href="mailto:peggyschsu@gate.sinica.edu.tw" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">peggyschsu@gate.sinica.edu.tw</a><o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span lang="EN-US" class="">&nbsp;</span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span lang="EN-US" class="">&nbsp;</span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span lang="EN-US" class="">&nbsp;</span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span lang="EN-US" class="">&nbsp;</span></div></div><span style="font-family: Helvetica; font-size: 18px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; float: none; display: inline !important;" class="">_______________________________________________</span><br style="font-family: Helvetica; font-size: 18px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class=""><span style="font-family: Helvetica; font-size: 18px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; float: none; display: inline !important;" class="">Chimera-users mailing list</span><br style="font-family: Helvetica; font-size: 18px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class=""><a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu" style="color: purple; text-decoration: underline; font-family: Helvetica; font-size: 18px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br style="font-family: Helvetica; font-size: 18px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class=""><a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" style="color: purple; text-decoration: underline; font-family: Helvetica; font-size: 18px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a></div></blockquote></div><br class=""></div></body></html>