<div dir="ltr">Dear all,<div><br></div><div>I have to prepare the pdb structure 1K4T to my study. When I do the dock prep process, it gives net charges as,</div><div>PTR+DT -2</div><div>TGP +0</div><div><br></div><div>I added charges for standard resides by AMBER ff12SB. For other residues, I added charges by Gasteiger method.</div><div><br></div><div>My problem is why PTR+DT gives -2 charge? I am not familiar with this one. </div><a href="http://www.google.lk/intl/en/options/"></a><div><br></div><div>Can anyone help me?</div><div><br></div><div>Thank you.</div></div>