<html><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;">Hello,<div class="">Generally you should know what is in your structure. You should look at the structure and the information at the RCSB PDB and/or the paper describing the structure. &nbsp;For example, when I use commands:</div><div class=""><br class=""></div><div class="">open 1k4t</div><div class="">~nuc</div><div class="">show :PTR,DT,TGP</div><div class="">rlabel :PTR,DT,TGP</div><div class=""><br class=""></div><div class="">I can see it is both protein and DNA. &nbsp;For docking, did you really want both protein and DNA? &nbsp;If you wanted the protein only, you would need to delete the DNA chains. &nbsp;You might also want to delete ligand residues topotecan and others (listed at the RCSB PDB website&nbsp;</div><div class=""><br class=""></div><div class="">To hide ribbon:sc 5</div><div class="">~ribbon</div><div class=""><br class=""></div><div class="">I already know that of the three residue types you mention, DT is usually a standard DNA residue but the others are not. &nbsp;I can see that TGP is in the DNA so it must be a modified base, and that PTR is in the protein ribbon like an amino acid, but it is covalently bonded to one of the DT residues in the DNA chain. &nbsp;Thus Chimera recognizes the nonstandard (PTR+DT) as a single covalently bonded unit, and both that and the TGP are nonstandard groups that require charge calculations. &nbsp;The other DTs are not modified so they can just get the standard residue lookup charges.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">If your question is why +2 and 0, that is simply an estimate of net charge from looking at the functional groups in these sets of atoms. &nbsp;If you disagree with those values, you could change them before running the calculation. &nbsp;However, usually the estimates are pretty good.</div><div class=""><div class=""><br class="webkit-block-placeholder"></div><div class="">To see chemical diagrams of these nonstandard residues, use the RCSB PDB website:</div><div class="">&lt;<a href="http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=1k4t" class="">http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=1k4t</a>&gt;</div><div class=""><br class=""></div><div class="">Unlike the diagram, I see that the TGP in the structure 1k4t does not include a phosphate, so the estimate of 0 makes sense. &nbsp;The combined PTR 723.A and DT 10.B is selected below, looks like it includes two phosphates with estimate of -1 for each, totaling -2.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">I hope this helps,</div><div class="">Elaine</div><div class="">----------<br class="">Elaine C. Meng, Ph.D.&nbsp;<br class="">UCSF&nbsp;Computer&nbsp;Graphics&nbsp;Lab&nbsp;(Chimera&nbsp;team)&nbsp;and&nbsp;Babbitt&nbsp;Lab<br class="">Department&nbsp;of&nbsp;Pharmaceutical&nbsp;Chemistry<br class="">University&nbsp;of&nbsp;California,&nbsp;San&nbsp;Francisco<br class=""><br class=""><img height="229" width="320" apple-width="yes" apple-height="yes" apple-inline="yes" id="B353F55C-A667-4C25-BC18-80E7A9E528BB" src="cid:4169018F-46C3-4AA0-AAEC-7DFD3D91364F@compbio.ucsf.edu" class=""></div><blockquote type="cite" class="">On Aug 17, 2015, at 8:51 AM, Amali Guruge &lt;<a href="mailto:amaligg2010@gmail.com" class="">amaligg2010@gmail.com</a>&gt; wrote:<br class=""><br class="">Dear all,<br class=""><br class="">I have to prepare the pdb structure 1K4T to my study. When I do the dock prep process, it gives net charges as,<br class="">PTR+DT -2<br class="">TGP +0<br class=""><br class="">I added charges for standard resides by AMBER ff12SB. For other residues, I added charges by Gasteiger method.<br class=""><br class="">My problem is why PTR+DT gives -2 charge? I am not familiar with this one.&nbsp;<br class=""><br class="">Can anyone help me?<br class=""><br class="">Thank you.<br class=""></blockquote><br class=""></div></body></html>