<div dir="ltr">Hi Tom, Greg:<div><br></div><div>Thanks for replying.</div><div><br></div><div>I am pretty sure I do have proprietary driver installed.</div><div><br></div><div>I checked in the report a bug dialog and got:</div><div><br></div><div><div>OpenGL Vendor: NVIDIA Corporation</div><div>OpenGL Renderer: GeForce GTX 560 Ti/PCIe/SSE2</div><div>OpenGL Version: 4.2.0 NVIDIA 304.116</div></div><div><br></div><div>However, I was checking if there was anything else that would affect performance, and it looks like my version of chimera has silhouettes and depth cueing on by default. When I turned both those effects off I saw some pretty big improvements in benchmark and real-life performance:</div><div><br></div><div>Old molecule benchmarks:</div><div>6249.5<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>158.7<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>1.5<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>0.9<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>27.4<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>0.4<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>89.3<br></div><div><br></div><div>New molecule benchmarks:</div><div>369581.3<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>164.7<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>201.1<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>130.3<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>2145.8<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>51.3<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>103.3<br></div><div><br></div><div>Which I guess explains the performance differences, unless the benchmarks on the website were with both of those effects on as well. Are there perhaps any other effects I could be on the lookout for that would also drain performance when dealing with millions of atoms?</div><div><br></div><div>Cheers,</div><div>Dan</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">On Thu, Aug 13, 2015 at 4:59 PM Tom Goddard &lt;<a href="mailto:goddard@sonic.net">goddard@sonic.net</a>&gt; wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">You probably don’t have the Nvidia graphics driver installed, so you are getting slow Mesa rendering.  To check this use Chimera menu Help / Report a Bug… and look in the “Gathered Information” box where it will identify the OpenGL renderer.  For instance on my Mac it says:<br>
<br>
OpenGL Vendor: NVIDIA Corporation<br>
OpenGL Renderer: NVIDIA GeForce GTX 680MX OpenGL Engine<br>
OpenGL Version: 2.1 NVIDIA-10.4.2 310.41.35f01<br>
<br>
  Tom<br>
<br>
<br>
&gt; On Aug 12, 2015, at 11:53 PM, Dan Lin wrote:<br>
&gt;<br>
&gt; Hello:<br>
&gt;<br>
&gt; I was wondering if anyone had any experience tracking down performance problems in chimera.<br>
&gt;<br>
&gt; I&#39;ve noticed that I am getting really sluggish performance when managing a lot of atoms, even when everything is shown as backbone traces only.<br>
&gt;<br>
&gt; To take a look at the performance, I ran the benchmark and got the following numbers:<br>
&gt;<br>
&gt; Volume benchmark scores<br>
&gt;  surface    mesh  contour  solid  recolor<br>
&gt;      981    1291     280     589     393<br>
&gt;<br>
&gt; Null  Wire    Stick   BStick  Ribbon  Sphere  Ops<br>
&gt; 6249.5        158.7   1.5     0.9     27.4    0.4     89.3<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; compared to a benchmark posted on the website of the same graphics card:<br>
&gt;<br>
&gt; 2125 2026 302 512 491<br>
&gt;<br>
&gt; 213 492 452 3259 169 128<br>
&gt;<br>
&gt; Apparently I&#39;m getting awful benchmarks for most of the molecule benchmarks, while the volume performance is pretty comparable. I re-ran the molecule benchmarks to make sure they were reproducible and got pretty much the same numbers.<br>
&gt;<br>
&gt; Would anybody have any suggestions for figuring out what&#39;s going on?<br>
&gt;<br>
&gt; For reference, I&#39;m running ubuntu 12.04 with up to date nvidia drivers for a GTX 560 Ti.<br>
&gt;<br>
&gt; Thanks,<br>
&gt; Dan<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; _______________________________________________<br>
&gt; Chimera-users mailing list<br>
&gt; <a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br>
&gt; <a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br>
<br>
</blockquote></div>