<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=utf-8"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">Hi Dan,<div class=""><br class=""></div><div class="">&nbsp; Silhouettes can kill performance, sometimes 100x slower, but more often just 3x or 5x slower. &nbsp;It uses an obscure opengl feature (glPolygonMode) that is probably preventing hardware acceleration with your driver. &nbsp;I would expect depth cue to have no effect. &nbsp;Factory Chimera settings have silhouettes off, depth cue on. &nbsp;You must have saved the setting for depth cue on (it ends up in your Chimera preferences file). &nbsp;One other setting to avoid is multisampling (Chimera menu Tools / Viewing Controls / Effects) — this can be a killer if your driver does not support it well.</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>Tom</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><br class=""><div><blockquote type="cite" class=""><div class="">On Aug 13, 2015, at 5:13 PM, Dan Lin &nbsp;wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><div class=""><div dir="ltr" class="">Hi Tom, Greg:<div class=""><br class=""></div><div class="">Thanks for replying.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">I am pretty sure I do have proprietary driver installed.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">I checked in the report a bug dialog and got:</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><div class="">OpenGL Vendor: NVIDIA Corporation</div><div class="">OpenGL Renderer: GeForce GTX 560 Ti/PCIe/SSE2</div><div class="">OpenGL Version: 4.2.0 NVIDIA 304.116</div></div><div class=""><br class=""></div><div class="">However, I was checking if there was anything else that would affect performance, and it looks like my version of chimera has silhouettes and depth cueing on by default. When I turned both those effects off I saw some pretty big improvements in benchmark and real-life performance:</div><div class=""><br class=""></div><div class="">Old molecule benchmarks:</div><div class="">6249.5<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>158.7<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>1.5<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>0.9<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>27.4<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>0.4<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>89.3<br class=""></div><div class=""><br class=""></div><div class="">New molecule benchmarks:</div><div class="">369581.3<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>164.7<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>201.1<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>130.3<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>2145.8<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>51.3<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>103.3<br class=""></div><div class=""><br class=""></div><div class="">Which I guess explains the performance differences, unless the benchmarks on the website were with both of those effects on as well. Are there perhaps any other effects I could be on the lookout for that would also drain performance when dealing with millions of atoms?</div><div class=""><br class=""></div><div class="">Cheers,</div><div class="">Dan</div></div><br class=""><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="">On Thu, Aug 13, 2015 at 4:59 PM Tom Goddard wrote:<br class=""></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">You probably don’t have the Nvidia graphics driver installed, so you are getting slow Mesa rendering.&nbsp; To check this use Chimera menu Help / Report a Bug… and look in the “Gathered Information” box where it will identify the OpenGL renderer.&nbsp; For instance on my Mac it says:<br class="">
<br class="">
OpenGL Vendor: NVIDIA Corporation<br class="">
OpenGL Renderer: NVIDIA GeForce GTX 680MX OpenGL Engine<br class="">
OpenGL Version: 2.1 NVIDIA-10.4.2 310.41.35f01<br class="">
<br class="">
&nbsp; Tom<br class="">
<br class="">
<br class="">
&gt; On Aug 12, 2015, at 11:53 PM, Dan Lin wrote:<br class="">
&gt;<br class="">
&gt; Hello:<br class="">
&gt;<br class="">
&gt; I was wondering if anyone had any experience tracking down performance problems in chimera.<br class="">
&gt;<br class="">
&gt; I've noticed that I am getting really sluggish performance when managing a lot of atoms, even when everything is shown as backbone traces only.<br class="">
&gt;<br class="">
&gt; To take a look at the performance, I ran the benchmark and got the following numbers:<br class="">
&gt;<br class="">
&gt; Volume benchmark scores<br class="">
&gt;&nbsp; surface&nbsp; &nbsp; mesh&nbsp; contour&nbsp; solid&nbsp; recolor<br class="">
&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; 981&nbsp; &nbsp; 1291&nbsp; &nbsp; &nbsp;280&nbsp; &nbsp; &nbsp;589&nbsp; &nbsp; &nbsp;393<br class="">
&gt;<br class="">
&gt; Null&nbsp; Wire&nbsp; &nbsp; Stick&nbsp; &nbsp;BStick&nbsp; Ribbon&nbsp; Sphere&nbsp; Ops<br class="">
&gt; 6249.5&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 158.7&nbsp; &nbsp;1.5&nbsp; &nbsp; &nbsp;0.9&nbsp; &nbsp; &nbsp;27.4&nbsp; &nbsp; 0.4&nbsp; &nbsp; &nbsp;89.3<br class="">
&gt;<br class="">
&gt;<br class="">
&gt; compared to a benchmark posted on the website of the same graphics card:<br class="">
&gt;<br class="">
&gt; 2125 2026 302 512 491<br class="">
&gt;<br class="">
&gt; 213 492 452 3259 169 128<br class="">
&gt;<br class="">
&gt; Apparently I'm getting awful benchmarks for most of the molecule benchmarks, while the volume performance is pretty comparable. I re-ran the molecule benchmarks to make sure they were reproducible and got pretty much the same numbers.<br class="">
&gt;<br class="">
&gt; Would anybody have any suggestions for figuring out what's going on?<br class="">
&gt;<br class="">
&gt; For reference, I'm running ubuntu 12.04 with up to date nvidia drivers for a GTX 560 Ti.<br class="">
&gt;<br class="">
&gt; Thanks,<br class="">
&gt; Dan<br class="">
&gt;<br class="">
&gt;<br class="">
&gt; _______________________________________________<br class="">
&gt; Chimera-users mailing list<br class="">
&gt; <a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank" class="">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br class="">
&gt; <a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" rel="noreferrer" target="_blank" class="">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br class="">
<br class="">
</blockquote></div>
</div></blockquote></div><br class=""></div></body></html>