<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=Windows-1252">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 14px; font-family: Calibri, sans-serif;">
<div>
<div>Hello,</div>
<div><br>
</div>
<div>I’m teaching myself to perform molecular modeling and docking using your tutorials. &nbsp; I am trying to prepare a protein for a vHTS and I have run into a snag during the sphere generation tutorial (<a href="http://dock.compbio.ucsf.edu/DOCK_6/tutorials/sphere_generation/generating_spheres.htm">http://dock.compbio.ucsf.edu/DOCK_6/tutorials/sphere_generation/generating_spheres.htm</a>).</div>
<div><br>
</div>
<div style="font-family: Calibri;"><font face="Calibri,sans-serif">In the section where it says,&quot;</font><span style="font-family: Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 18px;">To generate the spheres, simply use the command &quot;</span><span class="SpellE" style="font-family: Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 18px;">sphgen</span><span style="font-family: Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 18px;">&quot;&nbsp;
 in the same folder that contains the INSPH and the rec.ms files. The output will be two files:&nbsp;</span><a href="http://dock.compbio.ucsf.edu/DOCK_6/tutorials/sphere_generation/rec.sph" style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 18px;"><span class="SpellE">rec.sph</span></a><span style="font-family: Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 18px;">,
 which contains the spheres in clusters, and&nbsp;</span><a href="http://dock.compbio.ucsf.edu/DOCK_6/tutorials/sphere_generation/OUTSPH" style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 18px;">OUTSPH</a><font face="Arial,Helvetica,sans-serif"><span style="font-size: 18px;">,
 which contains general information about the calculation.”&nbsp;</span></font></div>
<div style="font-family: Calibri;"><font face="Arial,Helvetica,sans-serif"><span style="font-size: 18px;"><br>
</span></font></div>
<div style="font-family: Calibri;">I am getting an error that says Unrecognized command: “sphgen”. &nbsp; I downloaded the INSPH text file but I have no idea what to do with it. &nbsp;I don’t know what “folder” the tutorial refers to when it says,”use the command ‘sphgen’
 in the same folder that contains the INSPH and rec.ms files.&quot;</div>
<div style="font-family: Calibri;"><br>
</div>
<div style="font-family: Calibri;">Any help would be greatly appreciated!</div>
<div style="font-family: Calibri;"><br>
</div>
<div style="font-family: Calibri;">Thanks,</div>
<div style="font-family: Calibri;"><br>
</div>
<div style="font-family: Calibri;">Dan</div>
</div>
</body>
</html>