<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=utf-8"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">Ok no problem, thanks Tom.<div class=""><br class=""></div><div class="">Incidentally - is there any way, when using “ac mc” to place a marker atom at the center of rotation, to prevent the volume tracer dialog being raised?&nbsp;</div><div class=""><br class=""></div><div class="">I use this command as part of an alias which I use for clipping the map in a sphere centered on the CoFR, and I will typically use this command repeatedly when navigating around a large map, so if such an option does exist it would be useful - I couldn’t find it in the documentation so I guess probably not?<br class=""><div class=""><div class=""><div class=""><br class=""></div><div class="">Cheers,</div><div class="">Oliver.<br class=""><div><blockquote type="cite" class=""><div class="">On Aug 5, 2015, at 3:23 PM, Tom Goddard &lt;<a href="mailto:goddard@sonic.net" class="">goddard@sonic.net</a>&gt; wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><div class=""><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=utf-8" class=""><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class=""><div class="">Hi Oliver,</div><div class=""><br class=""></div><div class="">&nbsp; As described in the “vop cover” documentation</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span><a href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/current/docs/UsersGuide/midas/vop.html#cover" class="">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/current/docs/UsersGuide/midas/vop.html#cover</a></div><div class=""><br class=""></div><div class="">the command assumes your map is a unit cell. &nbsp;Your map obviously isn’t a unit cell because it isn’t periodic. &nbsp;The documentation says vop cover can use the symmetries defined in a CCP4 or MRC file and the default is to use those symmetries, in which case the map does not need to be a unit cell map. &nbsp;But apparently your map does not contain those symmetries. &nbsp;If you used File / Fetch by ID / EDS 3CH3 this gives a map in O format, not CCP4 or MRC. &nbsp;I tried downloading a CCP4 format map from the Electron Density Server and it also did not contain the crystal symmetries as shown in the PDB 3CH3. &nbsp;There is no vop cover option to use the symmetries defined in the PDB atomic model to extend the map. &nbsp;So if you don’t have a unit cell map or a CCP4 map containing the crystal symmetries in the header then vop cover won’t help you.</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>Tom</div><div class=""><br class=""></div><br class=""><div class=""><blockquote type="cite" class=""><div class="">On Aug 5, 2015, at 8:10 AM, Oliver Clarke wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><div class=""><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=utf-8" class=""><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">Hi all, I would like to use the command ‘vop cover’ (<a href="https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/vop.html#cover" class="">https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/vop.html#cover</a>) with option fbox so that I can easily extend 2fo-fc maps downloaded from the EDS using ‘Fetch by ID’ to cover multiple unit cells.&nbsp;<div class=""><br class=""></div><div class="">At the moment, this command does not seem to respect the lattice symmetry of the input map (see attached) - is there any way to make it do so? I have tried explicitly specifying the option ‘useSymmetry true’, but it shows the same behaviour. The example PDB ID I used for the attached screenshot was 3CH3.<div class=""><br class=""></div><div class="">Cheers,</div><div class="">Oliver.</div></div><div class=""><br class=""></div><div class=""><span id="cid:682B481E-3381-4C97-B01E-6FB1A453CBEB@cpmc.columbia.edu" class="">&lt;Screenshot 2015-08-05 11.03.20.png&gt;</span></div></div>_______________________________________________<br class="">Chimera-users mailing list<br class=""><a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu" class="">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br class=""><a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" class="">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br class=""></div></blockquote></div><br class=""></div></div></blockquote></div><br class=""></div></div></div></div></body></html>