<div dir="ltr">Thanks Ben. If the newer FoxS versions have more robust algorithms to deal with overfitting then I would heartily recommend that Chimera developers would redirect to the Sali server, which runs up-to-date software. There is an option of launching FoxS locally so I guess there is no reason not to use the most up-to-date version, but this does require some effort on the part of the user to install the IMP suite and point to the executable.<div><br></div><div>Notwithstanding, I think the ability to fit the SAXS curve directly from a model loaded in Chimera and produce a very nice publication-quality graph is super-helpful and easy. </div><div><br></div><div>Regards,</div><div>Eugene</div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 5 August 2015 at 02:20, Ben Webb <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:ben@salilab.org" target="_blank">ben@salilab.org</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><span class="">On 08/03/2015 10:51 AM, Eugene Valkov wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Thanks for a quick response and for clarifying this a bit. However, I am<br>
still none the wiser as to why there is a discrepancy between the SAXS<br>
fits reported by the version Chimera uses and the FoxS from the IMP<br>
suite or the Sali lab webserver.<br>
</blockquote>
<br></span>
Dina would be the person to ask (since she wrote FoXS). Her contact details are on the FoXS website.<br>
<br>
Chimera folks: I&#39;m not sure why the version of FoXS you&#39;re using is so old (if it&#39;s really IMP 2.1, that was released in 2013). If possible, Chimera should just talk directly to the Sali lab FoXS webserver. If that&#39;s not practical, it should be straightforward to update your web service to use the latest IMP 2.5.0 release.<span class=""><br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
For the record, I think Chimera reports<br>
the more accurate values as they are in rough agreement with those from<br>
another program, Crysol.<br>
</blockquote>
<br></span>
It&#39;s far more likely that you&#39;re seeing overfitting here. That was certainly an issue in older versions of FoXS, long since fixed at our end.<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
<br>
        Ben<br>
-- <br>
<a href="mailto:ben@salilab.org" target="_blank">ben@salilab.org</a>                      <a href="http://salilab.org/~ben/" rel="noreferrer" target="_blank">http://salilab.org/~ben/</a><br>
&quot;It is a capital mistake to theorize before one has data.&quot;<br>
        - Sir Arthur Conan Doyle<br>
</font></span></blockquote></div><br></div></div>