<div dir="ltr">Thank you so much! Your instructions were extremely helpful and I was able to successfully make the colors in the way I was hoping for :)<div><br></div><div><img src="cid:ii_14ec830a6ac0449a" alt="Inline image 1" width="472" height="252"><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Fri, Jul 24, 2015 at 5:11 PM, Elaine Meng <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu" target="_blank">meng@cgl.ucsf.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Dear Belle,<br>
At least according to my experiments, the ladder color is completely slaved to the ribbon color, and so (unfortunately) they always match.<br>
<br>
There is a workaround, but it is rather tedious:<br>
<br>
(1) open your structure, create your ribbon/ladder display in the color you want for the ladder rungs<br>
<br>
(2) open another copy of the same structure, undisplay all of its atoms, and show only ribbons for that copy, in the color you want for the ribbons<br>
<br>
(3) you will still see only the color of the first structure, must shrink the ribbons of the first copy so that they are inside the ribbons of the second copy<br>
<br>
Example commands, other actions explained in brackets:<br>
<br>
[start Chimera]<br>
open 1bna<br>
open 1bna<br>
~disp<br>
select #0<br>
<br>
[start Nucleotides, e.g. menu: Actions… Atoms/Bonds… nucleotide objects… settings, then apply the desired ladder settings.  They will only apply to the first copy since #0 is selected and the “Restrict OK/Apply” option should be turned on.]<br>
[start Ribbon Style Editor, e.g. menu: Tools… Depiction… Ribbon Style Editor.  Change Nucleic width and height values to something small like 0.05, apply.  Again, should only apply to first copy since #0 is selected and the “Restrict” option should be turned on]<br>
<br>
[clear the selection if you don’t need it any more]<br>
<br>
Now the two things will be in two different colors.  You can still change the colors, e.g. commands:<br>
<br>
color hot pink #0<br>
color yellow #1<br>
<br>
Sorry it’s so tedious, there should be a simpler way.  I hope this helps,<br>
Elaine<br>
----------<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.<br>
UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<span class=""><br>
&gt; On Jul 24, 2015, at 11:37 AM, Belle Lin &lt;<a href="mailto:belle.lin@rcsb.org">belle.lin@rcsb.org</a>&gt; wrote:<br>
&gt;<br>
&gt; Dear Chimera users/developers,<br>
&gt;<br>
&gt; Is there a way to make the DNA ladders a different color than the backbone? I am able to do so when the side (sugar/base) is shown in the &quot;tube/slab&quot; mode, but when I change it to the &quot;ladder&quot; mode I am unable to change the color of the rungs. I have included photos below which hopefully make my question more clear. Thank you in advance for your help!!<br>
&gt;<br>
&gt; Thanks,<br>
&gt; Belle Lin<br>
&gt;<br>
</span>&gt; Able to create:<br>
&gt; &lt;image.png&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; &lt;image.png&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; Trying to create:<br>
&gt;  &lt;image.png&gt;<br>
<br>
</blockquote></div><br></div>