<div dir="ltr"><div>Dear Elaine,</div><div><br></div><div>Very thanks for your time and consideration.</div><div><br></div><div>I downloaded the daily build version of chimera.</div><div><br></div><div>After using PDB2PQR in command line, status line shows that output.pqr file was generated.</div><div><br></div><div>Then, I used APBS in command line, dx file was created. But after coloring, the colors are as black and white. </div><div><br></div><div>I think chimera uses a pqr file other than output.pqr file which PDB2PQR has generated.</div><div><br></div><div>After using APBS in command line, pqr, in and dx files were created in following address:</div><div><br></div><div>C:\Users\karami\AppData\Local\Temp\tmphrfmlq</div><div><br></div><div>How to find output.pqr file to use that as inout for APBS?</div><div><br></div><div>Is my manner wrong?</div><div><br></div><div>Thanks in advance,</div><div>Leila</div></div>