<div style="line-height:1.7;color:#000000;font-size:14px;font-family:Arial"><div>Dear All,</div><div><br></div><div>I have a protein, which contains fragment aa 239-251. The protein has been fitted its map with 2 different (minor difference) resolution, and thus I have 2 PDB. For PDB 1 (the first resolution), the H-bonds inside aa 239-251 include:</div><div>#2 Gly 245.A N-Asn 242.A&nbsp;O 2.708A</div><div>#2 Asn 242.A N-Tyr 246.A O 3.120 A</div><div>#2 Val 248.A N-Val 240.A O 3.120 A</div><div>#2 GLN 251.A N-Ser 238.A 0 3.033 A</div><div><br></div><div>For PDB 2 (the second resolution), the H-bonds inside aa 239-251 include:</div><div><div>#0 Gly 245.A N-Asn 242.A&nbsp;O 2.715A</div><div>#0 Asn 242.A N-Tyr 246.A O 3.1206 A</div><div>#o Val 248.A N-Val 240.A O&nbsp;2.858 A</div><div>#0 GLN 251.A N-Ser 238.A 0 3.074 A</div><div><br></div><div>Naked eye check found the H-bonds in PDB 1 were almost the same H-bonds in PDB 2. </div><div><br></div><div>However&nbsp;for PDB 2, aa23-242 and aa 247-251 form 2 strands, but for PDB 1, it was a un-disconnected loop for aa 239-251.</div><div><br></div><div>Will you please explain how chimer assign beta strand?</div><div><br></div><div>Best regards.</div><div><br></div><div>Smith</div></div></div><br><br><span title="neteasefooter"><span id="netease_mail_footer"></span></span>