<div dir="ltr"><div><div><div>Friends,<br><br></div>I have used HOLE program (<a href="http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S026378559700009X">http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S026378559700009X</a>) to find the pore radius of a channel as a function of z-axis. As output, the program gives the location of capsules (that were filled inside the channel), capsule length and radius etc, as a function of z-axis.<br><br><font size="1">Capsule graph option*****<br>Data:</font><br><font size="1">cenxyz.cvec     eff.rad        area     CAP.LEN     cap.rad angle.X-axi cen.line.di integ.s/(ar point sourc<br>  <b>-14.00000</b>     <b>2.23465</b>    15.68804     <b>1.72142</b>     1.39301    73.21487     0.00000     0.03187  (sampled)<br>  -14.50000     2.40709    18.20262     1.96609     1.46141    58.41143    -0.54015     0.05934  (sampled)<br>  -15.00000     2.51292    19.83844     1.37866     1.78410    73.19154    -1.11224     0.08454  (sampled)<br>  -15.50000     2.69525    22.82171     1.34834     1.97026    87.40431    -1.71545     0.10645  (sampled)</font><br><br>I was wondering if i can use the shape command to draw the capsules in Chimera. I thought to create &#39;tube&#39; with &#39;shape&#39; command but i was not lucky. For instance, the following command didnt work (i opened channel as model #0)<br><br></div><div>shape tube #0 radius <b>2.23</b> bandLength <b>1.72</b> center  0, 0, <b>-14.00 </b><br><br></div><div>Pls help to know some way to do this.<br></div><div><br></div>Thanks,<br></div>Bala<br><div><div><div><font size="1"><br></font><br><br clear="all"><div><div><br>-- <br><div class="gmail_signature">C. Balasubramanian<br></div>
</div></div></div></div></div></div>