<div dir="ltr"><div><div>Hi<br><br></div>1. I&#39;m not able to fetch pdb&#39;s from Chimera by the command &#39;open 121p&#39;. It just says &#39;opened 121p&#39; in the reply log while it display a blank black screen. There are no active models displayed too (in the active models panel, there are no active tabs for models (0,1,2...)) despite the status in the reply log.<br>The internet connections are ok (my browser is working fine). On checking the preferences (Favorites ---&gt; preferences), everything seems fine (for instance in Category: Fetch (save fetched flie: True and use local files:True/False (I&#39;ve tried both cases))). Even the category of web access seems ok.<br></div><div>A day before I&#39;d been able to fetch pdb&#39;s by just the command (open 1zik (say)). Now, the only way to retrieve it is to go to the rcsb website, download the pdb from a browser and then run it in chimera.<br></div><div>Moreover, even if it (the pdb file) is already downloaded it doesn&#39;t run by entering the command (again the preferences are fine).<br></div><div>How can I sort out this?<br><br></div><div><div><div><div>2. Is there a way to color the capped surface (the flat surface when you cut a protein virtually) based on sequence conservation color range. I tried the same way B factor surface capping is done as in the tutorials but the one for conservation doesn&#39;t work. It instead colors the &#39;whole&#39; surface something else (Automatically uses default &#39;color by heteroatom&#39; (red, tan and blue) not the colors I used for the sequence conservation).<br></div><div class="gmail_signature">The same when I try to cap a surface based on hydrophobicity.<br><br>Thanks in advance!<br>Yaikhomba<br></div><div>
</div></div></div></div></div>