<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=us-ascii"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">findHBonds finds all H bonds in the given models (though the donors/acceptors can be restricted). &nbsp;The kind of restrictions that you can specify in the hbonds command are built on top of the findHBonds call. &nbsp;There is another function in the FIndHBonds module that can help you here: &nbsp;filterHBondsBySel<div><br></div><div>from FindHBonds import findHBonds, filterHBondsBySel, recDistSlop, recAngleSlop</div><div>allHBonds = findHBonds(chimera.selection.currentMolecules(), distSlop=recDistSlop, angleSlop=recAngleSlop)</div><div>loopHBonds = filterHBondsBySel(allHBonds, loop, "cross")</div><div><br></div><div>--Eric</div><div><div><br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;Eric Pettersen<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;UCSF Computer Graphics Lab<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;<a href="http://www.cgl.ucsf.edu">http://www.cgl.ucsf.edu</a><br><br></div><div><div>On Jun 22, 2015, at 2:47 AM, Ahir Pushpanath &lt;<a href="mailto:ahir29@gmail.com">ahir29@gmail.com</a>&gt; wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div dir="ltr"><div>Dear All,</div><div>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I am confused about what input I need to provide to the findHbond command in the FindHBond midas module. This is the help() on the command.</div><div>&nbsp;</div><div>&nbsp;</div><div>findHBonds(models, intermodel=True, intramodel=True, donors=None, acceptors=None, distSlop=0.0, angleSlop=0.0, interSubmodel=False, cacheDA=False).</div><div>&nbsp;</div><div>For example if I want to find all H bonds between a pre-selected group of residues in loop, saved as:</div><div>&nbsp;</div><div>loop = chimera.selection.currentAtoms() and the rest of the protein molecule, what command would I have to run? I am assuming the output(such as the one given in the findHbonds runcommand) would be saved into a variable if I provide one?</div><div>&nbsp;</div><div>Ahir<br clear="all"></div><div>&nbsp;</div><div><br>-- <br></div><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div>Dr. Ahir Pushpanath<b> PhD.</b><br>Senior Biologist,<br></div>Johnson Matthey.<br><div><br><br></div></div></div>
</div>
_______________________________________________<br>Chimera-users mailing list<br><a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br>http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users<br></blockquote></div><br></div><br><br></body></html>