<div dir="ltr"><div>Dear All,</div><div>             I am confused about what input I need to provide to the findHbond command in the FindHBond midas module. This is the help() on the command.</div><div> </div><div> </div><div>findHBonds(models, intermodel=True, intramodel=True, donors=None, acceptors=None, distSlop=0.0, angleSlop=0.0, interSubmodel=False, cacheDA=False).</div><div> </div><div>For example if I want to find all H bonds between a pre-selected group of residues in loop, saved as:</div><div> </div><div>loop = chimera.selection.currentAtoms() and the rest of the protein molecule, what command would I have to run? I am assuming the output(such as the one given in the findHbonds runcommand) would be saved into a variable if I provide one?</div><div> </div><div>Ahir<br clear="all"></div><div> </div><div><br>-- <br></div><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div>Dr. Ahir Pushpanath<b> PhD.</b><br>Senior Biologist,<br></div>Johnson Matthey.<br><div><div><br><br></div></div></div></div>
</div>