<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif">Hi,</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif">I am trying to visualize several of the secondary structure details on a protein of interest, and I recently had notice (by several research papers) about the existence of a left-handed helix on it. However, I could not detect the helix using UCSF Chimera (it is simply considered as a loop). Why could this happen and how could be resolved? I have tried to modify the ksdssp cut-off parameter, but it was unsuccessful, so I think now that maybe the specific nature of the helix (left-handed polyproline-like type II) could be a bit tricky for the program. What would you suggest?</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif">Thanks in advance for your help an patience.</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif">Best regards,</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif"><br></div><div><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div><font face="verdana, sans-serif"><b>Andrés Felipe Vásquez J., <i>BSc, MSc.</i></b><br>Grupo de Fisiología Molecular</font></div><div><font face="verdana, sans-serif">Subdirección de Investigación Científica y Tecnológica</font></div><div><font face="verdana, sans-serif">Dirección de Investigación en Salud Pública<br>Instituto Nacional de Salud<br>Avenida calle 26 No. 51-20 - Zona 6 CAN</font></div><div><font face="verdana, sans-serif">+57 (1) 2207700 ext. 1419</font></div><div><font face="verdana, sans-serif">Bogotá, D.C., Colombia<span style="font-size:small"> </span></font><br></div></div></div></div></div>
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