<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=us-ascii"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Hi Mahendra,<div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>In the first case, as you saw, it tries exactly two distances; the first involving :2011.B and the second involving :2420.B. &nbsp;In the second case it will try every distance from :2011.B through :2419.B (note that the range command does not include the ending number in the range). &nbsp;This means if the structure is missing <i>any</i>&nbsp;of those residues then the distance command will fail with the error you got, since the atom spec will only select one atom.</div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>So you either need to explicitly use just the residue numbers that exist, or you need to test if the residue you are about to try to use exists. &nbsp;So code to do that might be:</div><div><br></div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>from chimera.selection import OSLSelection</div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>sel = OSLSelection(#0.1:%d.B@CB""" %i)</div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>if len(sel.residues()) != 1:</div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">                </span>continue</div><div><br></div><div>--Eric</div><div><div><br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;Eric Pettersen<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;UCSF Computer Graphics Lab<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;<a href="http://www.cgl.ucsf.edu">http://www.cgl.ucsf.edu</a><br><br></div><div><div>On May 29, 2015, at 6:37 AM, Mahendra B Thapa &lt;<a href="mailto:thapamb@mail.uc.edu">thapamb@mail.uc.edu</a>&gt; wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div dir="ltr"><div><div><div><div><div><div><div><div><div>Dear Chimera users,<br><br></div><div>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; The command I used was<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; chimera --nogui test.py<br></div>I tried two codes (following previous posts and tutorials in chimera) in 'test.py' as follows<br></div><br>(i) <br>import os<br>from chimera import runCommand as rc<br>from chimera import replyobj<br>rc("open " + 'test.pdb')<br>for i in [2011,2420]:<br>rc("""distance #0.2:2010.B@CB #0.1:%d.B@CB""" %i)<br><br></div><b>This code gave the result as expected</b>:<br>Executing test.py...<br>Opening test.pdb...<br>60 models opened<br>Distance between #0.2:2010.B@CB and #0.1:2011.B@CB: 72.346<br>Distance between #0.2:2010.B@CB and #0.1:2420.B@CB: 92.979<br>Executed test.py<br></div><br>(ii)<br>import os<br>from chimera import runCommand as rc<br>from chimera import replyobj<br>rc("open " + 'test.pdb')<br>for i in range(2011,2420):<br>rc("""distance #0.2:2010.B@CB #0.1:%d.B@CB""" %i)<br><b><br>This code gave the result as</b><br>'&nbsp; You selected %d.' % numSelected)<br>MidasError: Exactly two atoms/axes/planes must be selected.&nbsp; You selected 1.<br>Error while processing test.py:<br>MidasError: Exactly two atoms/axes/planes must be selected.&nbsp; You selected 1.<br><br>&nbsp; File "/opt/UCSF/Chimera64-1.5.3/share/Midas/__init__.py", line 1266, in distance<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; '&nbsp; You selected %d.' % numSelected)<br><br></div>What could be the error this code? Only difference between two codes is:&nbsp; "for<b> i in [2011,2420]:"&nbsp; &amp;&nbsp; "for i in range(2011,2420):"<br></b></div>That is, I am interested to use range operator in 2nd case instead of two values as in the 1st case.<b><br><br></b></div>Thank you for help,<br></div>Mahendra Thapa<br></div>University of Cincinnati,OH<b><br></b><div><b><br></b><div><br></div></div></div>
_______________________________________________<br>Chimera-users mailing list<br><a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br>http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users<br></blockquote></div><br></div><br><br></body></html>