<html><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:verdana, helvetica, sans-serif;font-size:16px"><div>Dear Elaine,</div><div><br></div><div id="yui_3_16_0_1_1432827425953_3499">thank you for your response!</div><div id="yui_3_16_0_1_1432827425953_3813"><br></div><div id="yui_3_16_0_1_1432827425953_3814">Best regards,</div><div id="yui_3_16_0_1_1432827425953_3815">Elena Lilkova</div><br><div class="qtdSeparateBR"><br><br></div><div class="yahoo_quoted" style="display: block;"> <div style="font-family: verdana, helvetica, sans-serif; font-size: 16px;"> <div style="font-family: HelveticaNeue, Helvetica Neue, Helvetica, Arial, Lucida Grande, sans-serif; font-size: 16px;"> <div dir="ltr"> <font size="2" face="Arial"> On Wednesday, May 27, 2015 8:47 PM, Elaine Meng &lt;meng@cgl.ucsf.edu&gt; wrote:<br> </font> </div>  <br><br> <div class="y_msg_container">Dear Elena,<br>Welcome to Chimera!<br><br>Instead of “Ramachandran” plot, you could use the plotting functions in the MD Movie tool (Chimera’s trajectory viewer).&nbsp; This would not show psi versus phi, you would have to plot each dihedral (psi and phi for each residue of interest) versus trajectory frame.&nbsp; You can show them all on the same plot, however.<br><br>Documentation here:<br>&lt;<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/movie/framemovie.html" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/movie/framemovie.html</a>&gt;<br><br>Start the tool (Chimera menu: Tools… MD/Ensemble Analysis… MD Movie).&nbsp; I don’t know what type of files you have from NAMD, but it can read PSF + DCD or prmtop + DCD files.<br><br>Then when MD Movie is showing your trajectory, from its dialog choose Analysis…Plot and then specify the dihedrals you want to plot.&nbsp; See the link above for details.<br><br>Although Chimera has a Ramachandran Plot feature, it doesn’t sound appropriate for what you want to do.&nbsp; It just shows the plot for the whole structure, and only a single structure at a time, not multiple frames of a trajectory.<br>&lt;<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/ramachandran/ramachandran.html" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/ramachandran/ramachandran.html</a>&gt;<br><br>I hope this helps,<br>Elaine<br>-----<br>Elaine C. Meng, Ph.D.&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  <br>UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br>Department of Pharmaceutical Chemistry<br>University of California, San Francisco<br><br>On May 26, 2015, at 11:51 AM, Elena Lilkova &lt;<a ymailto="mailto:elilkova@phys.uni-sofia.bg" href="mailto:elilkova@phys.uni-sofia.bg">elilkova@phys.uni-sofia.bg</a>&gt; wrote:<br><br>&gt; Dear Chimera community,<br>&gt; <br>&gt; First I would like to just say that I am new to Chimera. I made a MD<br>&gt; simulation of a protein using NAMD. Now I am interested in generating a<br>&gt; Ramachandran plot for the whole trajectory, but only for a specific<br>&gt; selection of my protein, namely three specific residues. I fail to<br>&gt; succeed. Could anyone probably suggest a solution?<br>&gt; <br>&gt; Elena Lilkova<br>&gt; <br><br><br></div>  </div> </div>  </div></div></body></html>