<div dir="ltr"><div><div><div><div><div>Dear Chimera users<br><br>The biological assembly of a virus in pdb format  consists of 60 models; each model with 3 chains :A, B and C. I am interested to find  atoms within  4 angstroms of  the atom, say CA atom of residue 2059 of chain B of model 2. The chimera crashed in graphical interface (it could be due to size of the pdb file.), so I used the following command [<a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/2007-November/002069.html" target="_blank">http://plato.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/2007-November/002069.html</a>]:<br>chimera --nogui file_test.cmd &gt; data_rest.log<br></div>where &#39;file_test.cmd&#39; consists of<br>open test.pdb<br>findclash #2:2059.B@CA overlap -4 hbond 0<br><br>The output file &#39;data_rest.log&#39; consisted of <br>Opening test.pdb...<br>60 models opened<br>Opened test.pdb containing 60 models, 677040 atoms, and 89700 residues<br>No contacts<br>No contacts<br></div><u>I want to know whether I have used right chimera command /code. </u>Any suggestion might help me.<br><br></div>Thank you,<br></div>Mahendra Thapa<br></div>University of Cincinnati,OH<br></div>