<div dir="ltr">That's great! thanks v much. Its much appreciated. :)</div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, May 19, 2015 at 8:07 PM, Elaine Meng <span dir="ltr"><<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu" target="_blank">meng@cgl.ucsf.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi George,<br>
With “retain true” you could have both the old and new H-bonds in the same place, but only see the old colors if the new ones are “underneath.”<br>
<br>
Instead I would say just use “hbonds” one time per frame and then re-color the desired lines with “setattr”, for example something like:<br>
<br>
hb line 5 color gold<br>
setattr p color red :64,80,76,50,21<br>
<br>
The latter command sets the “color” attribute of pseudobonds to red, affecting only the pseudobonds between atoms of the specified residues.<br>
<<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/setattr.html" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/setattr.html</a>><br>
<span class="im HOEnZb"><br>
I hope this helps,<br>
Elaine<br>
----------<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.<br>
UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<br>
</span><span class="im HOEnZb">> On May 19, 2015, at 11:47 AM, George Green <<a href="mailto:soyo.green@gmail.com">soyo.green@gmail.com</a>> wrote:<br>
><br>
> Hi,<br>
</span><div class="HOEnZb"><div class="h5">> Just one other question if I could trouble you? Is it possible to have two colors of H-bond in the per-frame script. That way I could highlight bonds of particular importance (red), while the ones that maintain a steady structure are yellow. That would help draw the users eye and save wordy annotations. I tried the following to no avail. I suspect that maybe this is not possible? If you could offer any guidance, I would be much obliged. :)<br>
><br>
> ###########<br>
> select :1-158; hbonds line 5 color gold ; ~select<br>
> select :64,80,76,50,21; hbonds selrestrict both retainCurrent true line 5 color red ; ~select<br>
> ############<br>
><br>
><br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br></div>