<div dir="ltr">That&#39;s great! thanks v much. Its much appreciated. :)</div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, May 19, 2015 at 8:07 PM, Elaine Meng <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu" target="_blank">meng@cgl.ucsf.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi George,<br>
With “retain true” you could have both the old and new H-bonds in the same place, but only see the old colors if the new ones are “underneath.”<br>
<br>
Instead I would say just use “hbonds” one time per frame and then re-color the desired lines with “setattr”, for example something like:<br>
<br>
hb line 5 color gold<br>
setattr p color red :64,80,76,50,21<br>
<br>
The latter command sets the “color” attribute of pseudobonds to red, affecting only the pseudobonds between atoms of the specified residues.<br>
&lt;<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/setattr.html" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/setattr.html</a>&gt;<br>
<span class="im HOEnZb"><br>
I hope this helps,<br>
Elaine<br>
----------<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.<br>
UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<br>
</span><span class="im HOEnZb">&gt; On May 19, 2015, at 11:47 AM, George Green &lt;<a href="mailto:soyo.green@gmail.com">soyo.green@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>
&gt;<br>
&gt; Hi,<br>
</span><div class="HOEnZb"><div class="h5">&gt; Just one other question if I could trouble you? Is it possible to have two colors of H-bond in the per-frame script. That way I could highlight bonds of particular importance (red), while the ones that maintain a steady structure are yellow. That would help draw the users eye and save wordy annotations. I tried the following to no avail. I suspect that maybe this is not possible? If you could offer any guidance, I would be much obliged. :)<br>
&gt;<br>
&gt; ###########<br>
&gt; select :1-158; hbonds line 5 color gold ; ~select<br>
&gt; select :64,80,76,50,21; hbonds selrestrict both retainCurrent true line 5 color red ; ~select<br>
&gt; ############<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br></div>