<div dir="ltr">Hello,<div><br></div><div>I have a need of calculating about 1000 of RMSDs between two particular regions of reference model and testing model. I would like to do this with chimera script. I'm using chimera-1.10.1-Headless Linux 64-bit and have no access to any GUI.</div><div><br></div><div>Currently my script looks like this:</div><div><br></div><div><div><font face="monospace, monospace">import sys, os, re</font></div><div><span style="font-family:monospace,monospace">from chimera import runCommand as rc</span><br></div><div><font face="monospace, monospace"><br></font></div><div><font face="monospace, monospace"><< not important stuff >></font></div><div><font face="monospace, monospace"><br></font></div><div><font face="monospace, monospace">rc("open %s" % (native))</font></div><div><font face="monospace, monospace">for i in models:</font></div><div><font face="monospace, monospace">    rc("open " + i)</font></div><div><font face="monospace, monospace">    rc("rmsd #0:{0}-{1} #1:{0}-{1}".format(s,k))</font></div><div><font face="monospace, monospace">    rc("close #1")</font><span style="font-family:monospace,monospace">                                                                                 </span></div><div><font face="monospace, monospace">rc("close all")<br></font></div><div><font face="monospace, monospace">rc("stop now")</font><br></div></div><div><font face="monospace, monospace"><br></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">This allow me to see output on the screen, but I don't know how to capture it for further processing. I found somewhere something like this:</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div><font face="monospace, monospace">from chimera.tkgui import saveReplyLog<br></font></div><div><font face="monospace, monospace"><< do something >></font></div><div><font face="monospace, monospace">saveReplyLog('replyLog.txt')</font><br></div><div><font face="monospace, monospace"><br></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">But it seem to work only in versions with GUI.</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">Please help.</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">--</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">best whishes</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">Michał Kadlof</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">University of Warsaw</font></div></div>