<div dir="ltr">Hello,<div><br></div><div>I have a need of calculating about 1000 of RMSDs between two particular regions of reference model and testing model. I would like to do this with chimera script. I&#39;m using chimera-1.10.1-Headless Linux 64-bit and have no access to any GUI.</div><div><br></div><div>Currently my script looks like this:</div><div><br></div><div><div><font face="monospace, monospace">import sys, os, re</font></div><div><span style="font-family:monospace,monospace">from chimera import runCommand as rc</span><br></div><div><font face="monospace, monospace"><br></font></div><div><font face="monospace, monospace">&lt;&lt; not important stuff &gt;&gt;</font></div><div><font face="monospace, monospace"><br></font></div><div><font face="monospace, monospace">rc(&quot;open %s&quot; % (native))</font></div><div><font face="monospace, monospace">for i in models:</font></div><div><font face="monospace, monospace">    rc(&quot;open &quot; + i)</font></div><div><font face="monospace, monospace">    rc(&quot;rmsd #0:{0}-{1} #1:{0}-{1}&quot;.format(s,k))</font></div><div><font face="monospace, monospace">    rc(&quot;close #1&quot;)</font><span style="font-family:monospace,monospace">                                                                                 </span></div><div><font face="monospace, monospace">rc(&quot;close all&quot;)<br></font></div><div><font face="monospace, monospace">rc(&quot;stop now&quot;)</font><br></div></div><div><font face="monospace, monospace"><br></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">This allow me to see output on the screen, but I don&#39;t know how to capture it for further processing. I found somewhere something like this:</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div><font face="monospace, monospace">from chimera.tkgui import saveReplyLog<br></font></div><div><font face="monospace, monospace">&lt;&lt; do something &gt;&gt;</font></div><div><font face="monospace, monospace">saveReplyLog(&#39;replyLog.txt&#39;)</font><br></div><div><font face="monospace, monospace"><br></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">But it seem to work only in versions with GUI.</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">Please help.</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">--</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">best whishes</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">Michał Kadlof</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">University of Warsaw</font></div></div>