<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=utf-8"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Since runCommand() doesn't return any value, you need to call the underlying Python rmsd() function, which isn't hard to do. &nbsp;Somewhere at the top of your script put:<div><br></div><div>from Midas import rmsd</div><div><br></div><div>and then replace:</div><div><br></div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>rc("rmsd #0:{0}-{1} #1:{0}-{1}".format(s,k))</div><div><br></div><div>with:</div><div><br></div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>val = rmsd("#0:{0}-{1}".format(s,k), "#1:{0}-{1}".format(s,k))</div><div><br></div><div>--Eric</div><div><br><div><div>On May 19, 2015, at 12:45 PM, Michał Kadlof &lt;<a href="mailto:ramidas@gmail.com">ramidas@gmail.com</a>&gt; wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div dir="ltr">Yes it work, but then I have to write and run another script to parse output from chimera which cost HDD access time. I was wonder, if it possible to do it in single script without dumping output to separate file.<div><br></div><div>--</div><div>Michał</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2015-05-19 18:53 GMT+02:00 Eric Pettersen <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:pett@cgl.ucsf.edu" target="_blank">pett@cgl.ucsf.edu</a>&gt;</span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0px 0px 0px 0.8ex; border-left-width: 1px; border-left-color: rgb(204, 204, 204); border-left-style: solid; padding-left: 1ex; position: static; z-index: auto; "><div style="word-wrap:break-word">Hi&nbsp;Michał,<div><span style="white-space:pre-wrap">        </span>Redirecting output from a program into a file is pretty easy in any Unix/Linux shell.&nbsp; This would redirect Chimera's non-error output into a file named "chimera-output.txt":</div><div><br></div><div><span style="white-space:pre-wrap">        </span>chimera <i>chimera-arguments-you-normally-use</i>&nbsp;&gt; chimera-output.txt</div><div><br></div><div>You can also redirect the error output, but the syntax for that depends on the shell you are using.&nbsp; You should be able to easily Google it if you need to do that.</div><div><br></div><div>--Eric</div><div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;Eric Pettersen<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;UCSF Computer Graphics Lab<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;<a href="http://www.cgl.ucsf.edu/" target="_blank">http://www.cgl.ucsf.edu</a><br><br></font></span><div><div><div class="h5"><div>On May 19, 2015, at 1:16 AM, Michał Kadlof &lt;<a href="mailto:ramidas@gmail.com" target="_blank">ramidas@gmail.com</a>&gt; wrote:</div><br></div></div><blockquote type="cite"><div><div class="h5"><div dir="ltr">Hello,<div><br></div><div>I have a need of calculating about 1000 of RMSDs between two particular regions of reference model and testing model. I would like to do this with chimera script. I'm using chimera-1.10.1-Headless Linux 64-bit and have no access to any GUI.</div><div><br></div><div>Currently my script looks like this:</div><div><br></div><div><div><font face="monospace, monospace">import sys, os, re</font></div><div><span style="font-family:monospace,monospace">from chimera import runCommand as rc</span><br></div><div><font face="monospace, monospace"><br></font></div><div><font face="monospace, monospace">&lt;&lt; not important stuff &gt;&gt;</font></div><div><font face="monospace, monospace"><br></font></div><div><font face="monospace, monospace">rc("open %s" % (native))</font></div><div><font face="monospace, monospace">for i in models:</font></div><div><font face="monospace, monospace">&nbsp; &nbsp; rc("open " + i)</font></div><div><font face="monospace, monospace">&nbsp; &nbsp; rc("rmsd #0:{0}-{1} #1:{0}-{1}".format(s,k))</font></div><div><font face="monospace, monospace">&nbsp; &nbsp; rc("close #1")</font><span style="font-family:monospace,monospace">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;</span></div><div><font face="monospace, monospace">rc("close all")<br></font></div><div><font face="monospace, monospace">rc("stop now")</font><br></div></div><div><font face="monospace, monospace"><br></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">This allow me to see output on the screen, but I don't know how to capture it for further processing. I found somewhere something like this:</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div><font face="monospace, monospace">from chimera.tkgui import saveReplyLog<br></font></div><div><font face="monospace, monospace">&lt;&lt; do something &gt;&gt;</font></div><div><font face="monospace, monospace">saveReplyLog('replyLog.txt')</font><br></div><div><font face="monospace, monospace"><br></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">But it seem to work only in versions with GUI.</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">Please help.</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">--</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">best whishes</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">Michał Kadlof</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">University of Warsaw</font></div></div></div></div><span class="">
_______________________________________________<br>Chimera-users mailing list<br><a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br><a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" target="_blank">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br></span></blockquote></div><br></div><br><br></div></blockquote></div><br></div>
</blockquote></div><br></div></body></html>