<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=windows-1252"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">Hi Tubiana,<div class=""><br class=""></div><div class="">&nbsp; Unfortunately Chimera session do not remember selections of multiscale surfaces (or any other surfaces except solvent excluded molecular surfaces). &nbsp;I’ve improved Chimera so that you can specify of multiscale surface in a command like “color red #1:5.A”. &nbsp;The “5.A” part is the name of one of the individual surfaces in a multiscale model and I found that name by hovering the mouse of the surface I wanted. &nbsp;This was from a virus capsid example (2bbv) with 3 chains A,B,C and the surfaces get named 1.A, 1.B, 1.C, 2.A, …., 60.A, 60.B, 60.C for the 60-fold icosahedral symmetry. &nbsp;The code I added is limited and can only handle specifying one surface, e.g. it will not work to say “color red #1:5.A,5.B” but you could handle that for now by using two commands. &nbsp;We are working on Chimera 2 so I don’t have a lot of time to fix Chimera 1 limitations. &nbsp;I’m not sure what you want to do with the multiscale model in your movie. &nbsp;There are few commands that you can use to manipulate those surfaces. &nbsp;You can hide them with “sop hidePiece #1:5.A” show them with “sop showPiece #1:5.A”, or change their transparency “transp 50 #1:5.A”.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">&nbsp;&nbsp;The ability to specify a surface piece will be in tonight’s Chimera daily build.</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>Tom</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><br class=""></div><div class=""><br class=""><div><blockquote type="cite" class=""><div class="">On May 17, 2015, at 2:09 AM, TUBIANA Thibault CNRS &nbsp;wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><div class=""><div style="font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; direction: ltr; font-family: Tahoma; font-size: 10pt;" class="">Hi everyone!<div class=""><br class=""></div><div class="">I Want to script a movie, but to do so, I need to select some surface pieces of a virus multiscale model with command line.</div><div class="">I didn't find any way to do that. I try to select them with the mouse (ctrl+click) and then rename the selection with "namesel", it works but when I save the session and reload it, theses selections are cleared....<br class="">I can't do that each times I load my session because I have plenty of them and it's to generate the movie on SSH on another computer more powerfull...</div><div class=""><br class=""></div><div class="">I can't split them to create a new model (for exemple with coordinates) because I will have to update all my "savepos" position...</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><span style="font-size: 10pt;" class="">Did someone know how to do that ?&nbsp;</span></div><div class=""><br class=""></div><div class="">Thank you a lot for your help,</div><div class=""><br class=""></div><div class="">Regards,<br class=""><div class=""><br class=""><div class="BodyFragment"><font size="2" class=""><span style="font-size: 10pt;" class="">--<br class="">Tubiana Thibault<br class="">PhD Student<br class="">Institut de Biologie Intégrative de la Cellule&nbsp;<br class="">CNRS UMR 9198<br class="">CEA-Saclay, Bâtiment 532 - Pce 12A<br class="">91191 Gif-sur-Yvette<br class="">06.79.90.95.85<br class=""><a href="http://www.tubiana.me/" class="">http://www.tubiana.me</a></span></font></div></div></div></div><span style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; float: none; display: inline !important;" class="">_______________________________________________</span><br style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class=""><span style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; float: none; display: inline !important;" class="">Chimera-users mailing list</span><br style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class=""><a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu" style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class=""><a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a></div></blockquote></div><br class=""></div></body></html>