<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=windows-1252"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">Hi Matt,<div class=""><br class=""></div><div class="">&nbsp; Sounds like the IMOD segmentation is using units of nanometers while the MRC map uses Angstroms. &nbsp;I don’t know if the IMOD segmentation tool uses the mrc file origin — if not, that could explain why you need to use origin 0,0,0 in Chimera to align. &nbsp;Does this IMOD segmentation file and MRC map file align when opened with IMOD? &nbsp;When you open the segmentation in Chimera (*.imod file) it will report the pixel size and scale that it read from the IMOD header in the Chimera Reply Log, e.g.</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><div class="">IMOD pixel size = 22.55 &nbsp;scale (1.0, 1.0, 1.0)</div><div class="">ctl.imod mesh opened</div><div class=""><br class=""></div><div class="">&nbsp; Chimera has no way to reduce the level of detail in an IMOD mesh to make the graphics go faster. &nbsp;It usually takes more than 10 million triangles to slow down a modern graphics card, and that would take an IMOD file at least a few hundred Mbytes in size. &nbsp;Is your file that large?</div><div class=""><br class=""></div><div class="">&nbsp; You can split a surface so that each of its connected components can be individually selected using</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>sop split #0</div><div class=""><br class=""></div><div class="">where #0 is the surface model you want to split.</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span><a href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/current/docs/UsersGuide/midas/sop.html" class="">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/current/docs/UsersGuide/midas/sop.html</a></div><div class=""><br class=""></div><div class="">But after you split it Chimera no longer knows that all the microtubules belong to one group. &nbsp;Also this sop split creates a new split model and hides the original surfaces. &nbsp;Reshowing the original surfaces requires “sop show #0”.</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>Tom</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><br class=""></div><div class=""><br class=""></div><div><blockquote type="cite" class=""><div class="">On May 1, 2015, at 2:28 PM, Dougherty, Matthew T wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><div class=""><div id="divtagdefaultwrapper" style="font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: 12pt; background-color: rgb(255, 255, 255); font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif;" class=""><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;" class="">I have recently been getting some imod segmentation files and have been noticing three problems<br class=""></div><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;" class=""><br class=""></div><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;" class="">1) when I read the MRC and&nbsp;imod files I am having a scaling problem, and the datasets do not integrate.<br class=""></div><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;" class="">For example, if the MRC voxel size&nbsp;is 31.22 31.22 31.22, and the origin index is&nbsp;0 -114 0, I have to change the the voxel size&nbsp;to<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><span style="font-size: 12pt;" class="">3.122&nbsp;</span>3.122&nbsp;3.122 , and the origin index to&nbsp;<span style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 16px; background-color: rgb(255, 255, 255);" class="">0 0 0 so that graphics match correctly. &nbsp;Since there are number of people in the data&nbsp;chain before it gets to me, I thought it might check to determine if this is known problem before going upstream to unknown people to&nbsp;figure out if they are getting the imod output settings correct.</span><br class=""></div><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;" class=""><span style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 16px; background-color: rgb(255, 255, 255);" class=""><br class=""></span></div><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;" class=""><span style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 16px; background-color: rgb(255, 255, 255);" class=""><br class=""></span></div><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;" class=""><span style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 16px; background-color: rgb(255, 255, 255);" class="">2) The graphics performance with imod segmentation files is sluggish in chimera, not sure what it is in imod. &nbsp;I assume that the format defines the vertices at the highest resolution corresponding with the MRC file. &nbsp;Is there a way to improve the performance on the chimera side? I am not using contouring, just reading the file in default mode.</span></div><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;" class=""><span style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 16px; background-color: rgb(255, 255, 255);" class=""><br class=""></span></div><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;" class=""><span style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 16px; background-color: rgb(255, 255, 255);" class="">3) The segmentation has a lot of components, such as vesicles and microtubules, that have different colors. &nbsp;Is there a way to break apart the components so they can be manipulated seperately? E.g., display/hide, change colors, translate and rotate.</span></div><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;" class=""><br class=""></div><div id="Signature" class=""><div class="BodyFragment"><font size="2" class=""><div class="PlainText">Matthew Dougherty<br class="">National Center for Macromolecular Imaging<br class="">Baylor College of Medicine<br class="">===========================================================================</div></font></div></div></div><span style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; float: none; display: inline !important;" class="">_______________________________________________</span><br style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class=""><span style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; float: none; display: inline !important;" class="">Chimera-users mailing list</span><br style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class=""><a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu" style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class=""><a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a></div></blockquote></div><br class=""></div></body></html>