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<div id="divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt;color:#000000;background-color:#FFFFFF;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;">
<p>I have recently been getting some imod segmentation files and have been noticing three problems<br>
</p>
<p><br>
</p>
<p>1) when I read the MRC and&nbsp;imod files I am having a scaling problem, and the datasets do not integrate.<br>
</p>
<p>For example, if the MRC voxel size&nbsp;is 31.22 31.22 31.22, and the origin index is&nbsp;0 -114 0, I have to change the the voxel size&nbsp;to
<span style="font-size: 12pt;">3.122&nbsp;</span>3.122&nbsp;3.122 , and the origin index to&nbsp;<span style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 16px; background-color: rgb(255, 255, 255);">0 0 0 so that graphics match correctly. &nbsp;Since there are
 number of people in the data&nbsp;chain before it gets to me, I thought it might check to determine if this is known problem before going upstream to unknown people to&nbsp;figure out if they are getting the imod output settings correct.</span><br>
</p>
<p><span style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 16px; background-color: rgb(255, 255, 255);"><br>
</span></p>
<p><span style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 16px; background-color: rgb(255, 255, 255);"><br>
</span></p>
<p><span style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 16px; background-color: rgb(255, 255, 255);">2) The graphics performance with imod segmentation files is sluggish in chimera, not sure what it is in imod. &nbsp;I assume that the format
 defines the vertices at the highest resolution corresponding with the MRC file. &nbsp;Is there a way to improve the performance on the chimera side? I am not using contouring, just reading the file in default mode.</span></p>
<p><span style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 16px; background-color: rgb(255, 255, 255);"><br>
</span></p>
<p><span style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 16px; background-color: rgb(255, 255, 255);">3) The segmentation has a lot of components, such as vesicles and microtubules, that have different colors. &nbsp;Is there a way to break
 apart the components so they can be manipulated seperately? E.g., display/hide, change colors, translate and rotate.</span></p>
<p><br>
</p>
<div id="Signature">
<div class="BodyFragment"><font size="2">
<div class="PlainText">Matthew Dougherty<br>
National Center for Macromolecular Imaging<br>
Baylor College of Medicine<br>
===========================================================================</div>
</font></div>
</div>
</div>
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</html>