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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Good day<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">I am a PhD student at the University of Otago New Zealand. First I would like to thank you for this very useful software, I use it for all my protein crystallography pictures and a lot of analysis as well, I always cite
 your citation for sure when I publish using your software.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Normally I get very far with your tutorials but this time I failed to achieve my goal and I wanted to write a direct question.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">I have a protein with an active site pocket. I can display the surface of the protein and then I see the pocket inside but I am really interested in the enclosed surface = the active site pocket.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">How can I display the &#8220;negative&#8221; (enclosed) surface area and possibly calculate its volume. Can this be done with the pdb file or is such an analysis only possible based on the electron density. I learned how to manipulate
 the density map in chimera, so if this is the only way I should also be able to do it if you explain the details.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">If I get this done I wanted to ask if there is a way to ignore water molecules from the displaying of surfaces and later calculations or if I should simply work with a pdb which has the waters removed.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Thank you<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Matthias Fellner<o:p></o:p></span></p>
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