<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=us-ascii"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Hi Mahendra,<div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>Your coordinates are two-dimensional, not three-dimensional. &nbsp;Chimera is not going to be able to correctly determine the atom types for a two-dimensional compound, nor appropriately protonate it, nor properly minimize it. &nbsp; &nbsp;You <i>could</i>&nbsp;directly write a two-dimensional mol2 file from the sdf simply by dropping the runCommand("minimize") step of the processing script, but many of the mol2 atom types would be wrong.</div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>I think you need to use some other tool for your conversion. &nbsp;Maybe&nbsp;<a href="http://openbabel.org/wiki/Main_Page">Open Babel</a>?</div><div><br></div><div>--Eric</div><div><br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;Eric Pettersen<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;UCSF Computer Graphics Lab<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;<a href="http://www.cgl.ucsf.edu">http://www.cgl.ucsf.edu</a><br><br><div><div>On Apr 29, 2015, at 11:01 AM, Mahendra B Thapa &lt;thapamb@mail.uc.edu&gt; wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div dir="ltr"><div><div><div><div><div><div>Dear Chimera users,<br><br></div>I am trying to convert sdf file ( downloaded from<u> diversity set</u> data from '<a href="http://scs.illinois.edu/htsf/compound_collection/nci.php">http://scs.illinois.edu/htsf/compound_collection/nci.php</a>') into mol2 format. When I ran the command chimera --nogui processSDF.py<br></div>as given the previous posting ( <a href="http://www.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/2010-March/004974.html">http://www.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/2010-March/004974.html</a>), I got the following error messages:<br>Cannot find consistent set of bond orders for ring system containing atom #0.73:1@N1<br>---<br>Unknown redo atom type: N3<br>Traceback (most recent call last):<br><br></div>Any suggestions for correcting these errors will be a good help for me.<br><br></div>Thank you,<br></div>Mahendra Thapa<br></div>University of Cincinnati,OH<br></div>
_______________________________________________<br>Chimera-users mailing list<br>Chimera-users@cgl.ucsf.edu<br>http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users<br></blockquote></div><br></div><br><br><div apple-content-edited="true">
</div>
<br></body></html>