<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
<style type="text/css" style="display:none"><!-- p { margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; }--></style>
</head>
<body dir="ltr" style="font-size:10pt;color:#000000;background-color:#FFFFFF;font-family:Cambria,Serif;">
<p>Hi all,<br>
</p>
<p><br>
</p>
<p>I'm trying to determine uncommon ligands in pdb files using a python code, but have run into an odd dilemma.</p>
<p><br>
</p>
<p>In my code,&nbsp;I open a pdb&nbsp;in Chimera, select the ligand, and write out the residue list<span style="font-size: 10pt;">. &nbsp;</span><span style="font-size: 10pt;">However, the&nbsp;formatting of this list changes depending on how I run the program.</span></p>
<p><span style="font-size: 10pt;"><br>
</span></p>
<p><span style="font-size: 10pt;">If I run the program through xterm, it will print out only residue numbers. If I run the program though Chimera's Idle, however, I will get the residue&nbsp;codes and the residue numbers.&nbsp;</span></p>
<p><span style="font-size: 10pt;"><br>
</span></p>
<p><span style="font-size: 10pt;">For example, I ran this with 3VKG, you can see the results in the attached files, where I show a sample code of what I'm using, the xterm results and the Chimera results.</span></p>
<p><br>
</p>
<p>I want to do this for a large number of pdbs, so I'd like to do this --nogui through xterm, but I need the residue codes. Has anyone else ran into this problem or know of a work-around? Thanks in advance.<br>
</p>
<p><br>
</p>
<p>Best,<br>
</p>
<p><br>
</p>
<p>Korbin West<br>
</p>
<p>Wabash College<br>
</p>
</body>
</html>