<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=utf-8"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">Hi Zhihai,<div class=""><br class=""></div><div class="">&nbsp; The reason your map surface shows the triangulation is because the grid spacing is large. &nbsp;You made the map with molmap with 30A resolution. &nbsp;By default molmap sets the grid spacing to 1/3 of the requested resolution, so 10 Angstroms in this case. &nbsp;Apparently this is too coarse for your needs. &nbsp;So spedify a finer grid spacing in the molmap command. &nbsp;For instance</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>molmap #0 30 gridSpacing 3</div><div class=""><br class=""></div><div class="">to produce 30 A resolution with 3 A grid spacing. &nbsp;Here is the molmap documentation</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span><a href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/current/docs/UsersGuide/midas/molmap.html" class="">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/current/docs/UsersGuide/midas/molmap.html</a></div><div class=""><br class=""></div><div class="">&nbsp; Tom</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><br class=""><div><blockquote type="cite" class=""><div class="">On Apr 16, 2015, at 8:45 PM, 李智海 wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><div class=""><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=utf-8" class=""><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">Hi Tom,<div class="">It seems that the low-resolution (about 30A) map generated from atomic model by “molmap" has many artifacts on its surface (see first attached figure), and &nbsp;I can see many rectangle signatures of it in Fourier space (see 2nd attached figure) so that I can not use it as the start map for further reconstruction.</div><div class="">Please tell me how can I get rid of this. Thank you!</div><div class=""><br class=""></div><div class="">Best wishes!</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><br class=""></div><div class=""><div apple-content-edited="true" class="">
<div style="letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">Zhihai Li</div><div style="letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class=""><div class=""><br class=""><span id="cid:6D899A50-8FA8-47B2-9744-8FCE753448D2">&lt;molmap_30A.png&gt;</span><span id="cid:525197D5-E7F7-44E5-924A-E769F12727D7">&lt;FFT.png&gt;</span></div></div>
</div>
<br class=""><div class="">
<div style="letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class=""><div style="letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">Zhihai Li<br class=""><br class="">Ph.D student in State Key Laboratory of Molecular Vaccinology and Molecular Diagnostics.<br class="">School of Life Sciences, Xiamen University.<br class="">Xiang'an Road(South), Xiang'an District, Xiamen City,<br class="">Fujian Province, China.</div></div>
</div>
<br class=""><div class=""><blockquote type="cite" class=""><div class="">On Apr 15, 2015, at 1:28 AM, Tom Goddard &nbsp;wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><div class=""><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=utf-8" class=""><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">Hi Zhihai,<div class=""><br class=""></div><div class="">&nbsp; If you want the map computed from an atomic model but on a grid that matches a reference map then you should compute the map with molmap and then resample it on the reference map grid. &nbsp;If #0 is the atomic model and #1 the reference map.</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>molmap #0 8 edgePadding 50</div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>vop resample #0 onGrid #1</div><div class=""><br class=""></div><div class="">Here the 8 is the resolution for the computed map and 50 Angstroms controls how far beyond the molecule bounding to compute the map.</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>Tom</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><br class=""></div><div class=""><br class=""><div class=""><blockquote type="cite" class=""><div class="">On Apr 13, 2015, at 9:00 PM, 李智海 &nbsp;wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><div class=""><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=utf-8" class=""><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class=""><div class="">hi,</div><div class="">here I want to generate a density map from a atomic model in Chimera, &nbsp;then convert the generating map into .pif file to do as the initial map performing in Auto3dem.</div><div class="">I have met some questions to successfully finish these work.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">1.How can I generate a mol-map from a fitting model with identical dimensions, center coordinates and pixel size of its reference map. I have tried to use “Fit in map”, but the generating map differed from its fitted map in the map size.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">2. The mrc map created in Chimera has dimension of even number of columns. If I set the column number to odd number, is it ok (for example, if the origin is off by half pixel?). The reason I am asking such a question is that I will convert this mol-map to pif format, and pif format map has dimension of odd number columns.&nbsp;</div><div class=""><br class=""></div><div class="">&nbsp;</div><div class="">Thanks in advanced!</div><div class=""><br class=""></div>Best wishes!<div class=""><br class=""><div apple-content-edited="true" class="">
<div style="letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">Zhihai Li</div><div style="letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class=""><div class=""><br class=""><br class=""></div></div>
</div>

<br class=""></div></div>_______________________________________________<br class="">Chimera-users mailing list<br class=""><a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu" class="">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br class=""><a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" class="">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br class=""></div></blockquote></div><br class=""></div></div></div></blockquote></div><br class=""></div></div></div></blockquote></div><br class=""></div></body></html>