<div dir="ltr"><div>Hi Eric:<br></div>It does not work with psf/dcd movie. Files attached (I also tried with another psf/dcd couple)<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, Apr 2, 2015 at 8:47 PM, Eric Pettersen <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:pett@cgl.ucsf.edu" target="_blank">pett@cgl.ucsf.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word">I&#39;m glad it&#39;s working for you.  Thanks for finding that problem!<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div><br></div><div>--Eric</div></font></span><div><div class="h5"><div><br><div><div><div>On Apr 2, 2015, at 11:30 AM, Francesco Pietra &lt;<a href="mailto:chiendarret@gmail.com" target="_blank">chiendarret@gmail.com</a>&gt; wrote:</div><br><blockquote type="cite"><div dir="ltr"><div><div><div>Hi Eric:<br></div>I tried with my files. Thanks a lot for allowing NAMD users to catch segname segments with CHIMERA<br><br></div>all the best<br><br></div>francesco<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Apr 1, 2015 at 8:12 PM, Eric Pettersen <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:pett@cgl.ucsf.edu" target="_blank">pett@cgl.ucsf.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word">Hmm, Chimera was being a bit of stickler in that it wasn&#39;t reading the columns that included the segment ID unless the ATOM records had a full 80 characters.  The ATOM records in your file are a little shorter (78 characters).  I have modified the Chimera code to be a little more flexible in that regard.  If you get tonight&#39;s daily build, it will process the segment IDs in your file.  Look for builds dated April 1 or later.<div><div><br></div><div>--Eric</div><div><br><div><div><div><div>On Apr 1, 2015, at 8:27 AM, Francesco Pietra &lt;<a href="mailto:chiendarret@gmail.com" target="_blank">chiendarret@gmail.com</a>&gt; wrote:</div><br></div></div><blockquote type="cite"><div><div><div dir="ltr"><div><div><div>Hi Eric:<br></div>If I did correctly, it does not work.<br><br></div>Attached is a pdb file from work that I recently published. If relevant, I could also provide psf/dcd. In fact, my main interest is in describing the MD trajectory with chimera/centroid, while highlighting in different colors the various chains and residues of particular interest<br><br></div><div>Thanks a lot for your interest<br><br></div><div>francesco<br></div><div><br></div>define centroid <br><div><br><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Mar 30, 2015 at 11:32 PM, Eric Pettersen <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:pett@cgl.ucsf.edu" target="_blank">pett@cgl.ucsf.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word">Hi Francesco,<div><span style="white-space:pre-wrap">        </span>It should be available as the atom attribute pdbSegment, <i>e.g.</i> &quot;color red @/pdbSegment=XY2&quot;.  If that doesn&#39;t work, please let me know and attach a PDB file with segment info in it that I can use for testing.<div><br></div><div>--Eric</div><div><br>                        Eric Pettersen<br>                        UCSF Computer Graphics Lab<br>                        <a href="http://www.cgl.ucsf.edu/" target="_blank">http://www.cgl.ucsf.edu</a><br><br><div><div><div>On Mar 28, 2015, at 6:34 AM, Francesco Pietra &lt;<a href="mailto:chiendarret@gmail.com" target="_blank">chiendarret@gmail.com</a>&gt; wrote:</div><br></div><blockquote type="cite"><div><div dir="ltr"><div>Hello:<br><br></div><div>May I ask whether there is till a problem in having CHIMERA understanding segname? For those working with XPLOR (NAMD, for example) and multichain proteins, rendering results with CHIMERA becomes very tedious (having to use atom indexes)<br><br></div><div>Thanks<br></div><div>francesco pietra<br></div></div></div>
_______________________________________________<br>Chimera-users mailing list<br><a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br><a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" target="_blank">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br></blockquote></div><br></div></div><br><br><div>
</div>
<br></div></blockquote></div><br></div>
</div></div><span>&lt;miniSOG_O2_box_ion.pdb&gt;</span></blockquote></div><br></div></div></div></blockquote></div><br></div>
</blockquote></div><br></div></div></div></div></div></blockquote></div><br></div>