<div dir="ltr">Hello,<div><br></div><div>1.</div><div>I used MatchMaker to align two structures, worked well and I got an alignment file-1.</div><div>Then I clicked on MatchAlign and got alignment file-2. </div><div><br></div><div>The alignment-1 is different from alignment-2.</div><div><br></div><div>Could you please let me know what is the differnce between MatchMaker and MatchAlign?</div><div><br></div><div>2.</div><div>In the same function I can&#39;t find RR distance map. Is it applicable to MatchMaker/MatchAlign?</div><div><br></div><div>Thank you</div><div>Egor</div><div><br></div></div>