<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=windows-1252"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;">Dear Elaine,<div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>Thanks for the quick reply. I have the volumes open and all of them are with same threshold but only when I type in command line then the morph starts different from the original volumes. I just figured a way round it. After it has created the morph map as a new model, then I change the levels and record the movie.&nbsp;</div><div><br></div><div>Thanks again</div><div><br></div><div><br></div><div>Vinoth</div><div><br><div><div>On 22 Mar 2015, at 16:57, Elaine Meng &lt;<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu">meng@cgl.ucsf.edu</a>&gt; wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><br>On Mar 22, 2015, at 9:38 AM, vinothkumar &lt;<a href="mailto:vkumar@mrc-lmb.cam.ac.uk">vkumar@mrc-lmb.cam.ac.uk</a>&gt; wrote:<br><br><blockquote type="cite">Dear Elaine,<br>I have three different volumes/maps of the same protein but differing in conformation. I am able to use the command line - ‘vop morph #0,1,2 constantVolume True model #3 frames 200’ which then interpolates and I could produce a movie. However, by default the threshold for the volumes and level goes to 4. Is there a way to insert in the command line to tell that all the volumes be set to level (1) and a certain threshold.<br>Thank you<br>Regards<br>Vinoth<br></blockquote><br>Dear Vinoth,<br>You should adjust the threshold of the maps before the morphing. &nbsp;This could be done with the “volume” command if you are not using GUIs, e.g. command:<br><br>volume all level 1<br><br>&lt;<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/volume.html#general">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/volume.html#general</a>&gt;<br><br>Actually, my own experiments suggest it is only the threshold of the first input map that matters in setting the starting level of the morph. &nbsp;If you use the “constantVolume” morphing option, however, the threshold will be adjusted to keep the enclosed volume constant. &nbsp;If you really wanted to keep it exactly at 1 through the whole morph, you would not use that option.<br><br>I hope this helps! For future questions, we recommend you send them to <a href="mailto:chimera-users@cgl.ucsf.edu">chimera-users@cgl.ucsf.edu</a> (CC’d here) instead of to me or other individuals directly, unless you are including private data. &nbsp;Thanks,<br>Elaine<br>-----<br>Elaine C. Meng, Ph.D. &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<br>UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br>Department of Pharmaceutical Chemistry<br>University of California, San Francisco<br><br><br><br></blockquote></div><br><div>
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px;  "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px;  "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div>Vinothkumar K.R.</div><div>Structural Studies Division</div><div>MRC-Laboratory of Molecular Biology</div><div>Francis Crick Avenue,</div><div>Cambridge</div><div>CB2 0QH</div><div><br></div><div>Tel: 44-(0)1223-267484</div></div></span><br class="Apple-interchange-newline"></div></span><br class="Apple-interchange-newline"></div></span><br class="Apple-interchange-newline"></span><br class="Apple-interchange-newline">
</div>
<br></div></body></html>