<div dir="ltr"><div><div><div><div><div><div><div><div><div><div><div><div>Dear Chimera users,<br><br></div>To get <u>Amber prmtop file</u> corresponding to a <u>pdb file using Chimera</u>, I did the following steps:<br></div>1] tools -&gt; Amber -&gt; write prmtop<br></div>2] In a pop-up window &#39;save file in chimera&#39;, I gave file name, say, aa.prmtop, then clicked save.<br></div>3] No charges message appeared, then I clicked &#39;Assign charges&#39;.<br></div>4] In a pop-up window &#39;Add charge&#39;, I selected &#39;AM1-BCC&#39; in other residues, then clicked ok.<br></div>5] In a pop up window &#39;specify net charge&#39;, I selected &#39;AMI-BCC&#39; in charge method<br></div>6] I got &#39;chimera error&#39; - failure running ANTECHEMBER for residue HIS. Check reply log for details.<br></div>7] In reply log, &#39;<u>Failure running ANTECHEMBER for residue HIS</u>&#39; seen.<br><br></div>Any help in this issue will be a good help for me.<br><br></div>Thank you.<br></div>Mahendra Thapa<br></div>University of Cincinnati,OH<br></div>