<div dir="ltr"><div><div><div><div><div><div><div><div><div><div><div><div>Dear Chimera users,<br><br></div>To get <u>Amber prmtop file</u> corresponding to a <u>pdb file using Chimera</u>, I did the following steps:<br></div>1] tools -> Amber -> write prmtop<br></div>2] In a pop-up window 'save file in chimera', I gave file name, say, aa.prmtop, then clicked save.<br></div>3] No charges message appeared, then I clicked 'Assign charges'.<br></div>4] In a pop-up window 'Add charge', I selected 'AM1-BCC' in other residues, then clicked ok.<br></div>5] In a pop up window 'specify net charge', I selected 'AMI-BCC' in charge method<br></div>6] I got 'chimera error' - failure running ANTECHEMBER for residue HIS. Check reply log for details.<br></div>7] In reply log, '<u>Failure running ANTECHEMBER for residue HIS</u>' seen.<br><br></div>Any help in this issue will be a good help for me.<br><br></div>Thank you.<br></div>Mahendra Thapa<br></div>University of Cincinnati,OH<br></div>