<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=us-ascii"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div><div>On Mar 4, 2015, at 10:14 AM, Nishant Ray Velagapudi &lt;<a href="mailto:nishray@uw.edu">nishray@uw.edu</a>&gt; wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div dir="ltr">Hello Mr. Petterson,<div><br></div><div>I was looking for some help with using UCSF chimera and I was wondering if I can directly email you my question. If this is not the appropriate address, my apologies, and could you point me in the appropriate direction for support?</div></div></blockquote><div><br></div>Hi Nishant,</div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>You should probably send questions like these to the chimera-users mailing list. &nbsp;That way other people can benefit from the answer, and it also allows others to answer in the cases where I'm not really the best person for the question.</div><div><br><blockquote type="cite"><div dir="ltr"><div>My issue is that I want to automate the process of creating and saving structure based sequence alignments. It has been simple to open the file and align them, but I am not sure how to save the .fasta alignment file out. Here is what I have so far:</div><div><br></div><div><div>for fn in file_names:</div><div><span class="" style="white-space:pre">        </span>replyobj.status("Processing: " + fn)</div><div><span class="" style="white-space:pre">        </span>rc("open " + fn)</div><div><span class="" style="white-space:pre">        </span><b>rc(mm #0 #1 show true)</b></div><div><span class="" style="white-space:pre">        </span>rc("close " + fn)</div></div><div><br></div><div>The bold line is the problematic one - is there any way to write out the resulting alignment file in a programmatic fashion?</div></div></blockquote><br></div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>Yes. &nbsp;You can locate the MultAlign Viewer (MAV) instance using the code in this previous chimera-users mail:</div><div><br></div><div><a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/2014-June/010017.html">http://plato.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/2014-June/010017.html</a></div><div><br></div><div>That message also describes how to save the alignment to a file, in conjunction with the info in this message:</div><div><br></div><div><a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/2014-June/010015.html">http://plato.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/2014-June/010015.html</a></div><div><br></div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>You can search the chimera-users list from this page to see if your question has been asked previously:</div><div><br></div><div><a href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/feedback.html">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/feedback.html</a></div><div><br></div><div>I hope this helps.</div><div><br></div><div>--Eric</div><br><div apple-content-edited="true">
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 16px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-align: auto; -khtml-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -apple-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><p style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px"><font face="Helvetica" size="5" style="font: 16.0px Helvetica"><span class="Apple-converted-space">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span></span>Eric Pettersen</font></p><p style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px"><font face="Helvetica" size="5" style="font: 16.0px Helvetica"><span class="Apple-converted-space">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span></span>UCSF Computer Graphics Lab</font></p><p style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px"><font face="Helvetica" size="5" style="font: 16.0px Helvetica"><span class="Apple-converted-space">&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;</span><a href="http://www.cgl.ucsf.edu">http://www.cgl.ucsf.edu</a></font></p><br class="Apple-interchange-newline"></span>
</div>
<br></body></html>