<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 TRANSITIONAL//EN">
<HTML>
<HEAD>
  <META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; CHARSET=UTF-8">
  <META NAME="GENERATOR" CONTENT="GtkHTML/3.32.2">
</HEAD>
<BODY>
Hi Tom,<BR>
<BR>
Many thanks for your detailed explanation! This is really helpful. <BR>
<BR>
Best,<BR>
Kai<BR>
<BR>
On Wed, 2015-02-25 at 12:39 -0800, Tom Goddard wrote:<BR>
<BLOCKQUOTE TYPE=CITE>
    Hi Kai,
</BLOCKQUOTE>
<BLOCKQUOTE TYPE=CITE>
    <BR>
    <BR>
</BLOCKQUOTE>
<BLOCKQUOTE TYPE=CITE>
    &nbsp; The Chimera volume eraser can erase everything outside the sphere using keyboard shortcut &#8220;eo&#8221; as described in the documentation &#8212; if you press the Help button on the Volume Eraser dialog you will see this. &nbsp;You have to enable keyboard shortcuts with menu Tools / General Controls / Keyboard Shortcuts or Chimera command &#8220;ac&#8221; also enables them. &nbsp;But this probably isn&#8217;t what you want. because it does not add what is shown each time you move the sphere and use &#8220;eo&#8221; it just keeps erasing everything outside the sphere.
</BLOCKQUOTE>
<BLOCKQUOTE TYPE=CITE>
    <BR>
    <BR>
</BLOCKQUOTE>
<BLOCKQUOTE TYPE=CITE>
    &nbsp; So it isn&#8217;t clear how you would use the uneraser sphere since how would you be able to see what you are trying to unerase, especially when you start with everything erased. &nbsp;But here&#8217;s a tricky idea. &nbsp;Open two copies of your map and erase one copy which will show the other copy underneath. &nbsp;Keep erasing the one copy until you exposed all the parts of the underneath map. &nbsp;Then subtract the full map minus the erased map (Chimera command: vop subtract #4 #5) &nbsp;to get just the part you exposed by erasing. &nbsp;Here&#8217;s a screen capture of my test.
</BLOCKQUOTE>
<BLOCKQUOTE TYPE=CITE>
    <BR>
    <BR>
</BLOCKQUOTE>
<BLOCKQUOTE TYPE=CITE>
    &nbsp; A few important things to make this work: the volume erase dialog acts on the map that is highlighted in the volume viewer dialog (shown with its name in blue in the attached image) &#8212; click on the map name you are erasing in the volume viewer dialog to choose the right copy. &nbsp;If two copies of a map have the same threshold they are exactly on top of each other and one or parts of both may appear. &nbsp;You might want to raise the contour level of one copy so it is hidden by the lower contour level copy.
</BLOCKQUOTE>
<BLOCKQUOTE TYPE=CITE>
    <BR>
    <BR>
</BLOCKQUOTE>
<BLOCKQUOTE TYPE=CITE>
    Tom<BR>
    <BR>
    <BR>
</BLOCKQUOTE>
<BLOCKQUOTE TYPE=CITE>
    <BR>
    <BR>
</BLOCKQUOTE>
<BLOCKQUOTE TYPE=CITE>
    <IMG SRC="cid:2F7FBE54-ECA7-4AC3-8F41-BAA2A1EFB263@cgl.ucsf.edu" WIDTH="868" HEIGHT="623" ALIGN="bottom" BORDER="0">
</BLOCKQUOTE>
<BLOCKQUOTE TYPE=CITE>
    <BR>
    <BR>
</BLOCKQUOTE>
<BLOCKQUOTE TYPE=CITE>
    <BLOCKQUOTE TYPE=CITE>
        On Feb 25, 2015, at 9:44 AM, &nbsp;wrote:
    </BLOCKQUOTE>
</BLOCKQUOTE>
<BLOCKQUOTE TYPE=CITE>
    <BLOCKQUOTE TYPE=CITE>
        <BR>
    </BLOCKQUOTE>
</BLOCKQUOTE>
<BLOCKQUOTE TYPE=CITE>
    <BLOCKQUOTE TYPE=CITE>
        Dear Chimera users,<BR>
        <BR>
        <BR>
        Dose anyone know how to do inverse volume-erasing? Normally we use the<BR>
        eraser to erase density we don't want to keep. However, what shall I do if<BR>
        I want to keep the density within the eraser while getting rid of other<BR>
        parts?<BR>
        <BR>
        Many thanks<BR>
        Kai<BR>
        <BR>
        <BR>
        _______________________________________________<BR>
        Chimera-users mailing list<BR>
        <A HREF="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</A><BR>
        http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users<BR>
        <BR>
        <BR>
    </BLOCKQUOTE>
</BLOCKQUOTE>
<BLOCKQUOTE TYPE=CITE>
    <BR>
    <BR>
</BLOCKQUOTE>
<BR>
</BODY>
</HTML>