<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=utf-8"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">I’m not sure what you mean by “incorrectly attached pentagons and hexagons”. &nbsp;Do you mean the edge of a pentagon does not align with the edge of a neighboring hexagon? &nbsp;Or do you mean the cage has large holes because the topology (pattern of connections) does not make it close? &nbsp;The former can be done by hand with “move selection” mouse mode as Elaine mentioned and the latter can be done just as a normal use of the cage builder tool.<div class=""><br class=""></div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>Tom</div><div class=""><br class=""><div class=""><br class=""></div><div class=""><br class=""><div><blockquote type="cite" class=""><div class="">On Feb 9, 2015, at 3:25 PM, vamsee wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><div class=""><div dir="ltr" class=""><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Hello Elaine,</div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><br class=""></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><br class=""></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">I am trying to build a cage but with incorrectly attached pentagons and hexagons to represent mis-assembly. Though I don't believe it is possible using the cage builder, I was wondering if the wonderfully brilliant chimera team would know of any other ways of doing this or even with the cage builder.&nbsp;</div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><br class=""></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><br class=""></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Thank you yet again,</div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><br class=""></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><br class=""></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Vamsee</div></div>
_______________________________________________<br class="">Chimera-users mailing list<br class=""><a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu" class="">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br class="">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users<br class=""></div></blockquote></div><br class=""></div></div></body></html>