<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=us-ascii">
</head>
<body dir="auto">
<div>Hi Eric &nbsp;,</div>
<div><br>
</div>
<div>I have an algorithm that returns some subsequences of a structure and i want to color the corresponding &nbsp;structure segment automatically.</div>
<div>Thanks</div>
<div>Thomas<br>
<br>
from the road</div>
<div><br>
Am 22.01.2015 um 16:37 schrieb Eric Pettersen &lt;<a href="mailto:pett@cgl.ucsf.edu">pett@cgl.ucsf.edu</a>&gt;:<br>
<br>
</div>
<blockquote type="cite">
<div>
<div>
<div>On Jan 22, 2015, at 4:21 PM, Thomas Hrabe &lt;<a href="mailto:thrabe@sanfordburnham.org">thrabe@sanfordburnham.org</a>&gt; wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<blockquote type="cite">Hi Chimera Team,<br>
<br>
How can I automate the Sequence View -&gt; Edit -&gt; Find Subsequence Tool programmatically with the Chimera shell or better within python?</blockquote>
<br>
</div>
<div>I don't know what your context is here exactly, but if you have a Sequence object you can use its
<i>regexMatch</i>&nbsp;or <i>prositeMatch</i>&nbsp;methods to find subsequences. &nbsp;They return lists of (start, end) tuples. &nbsp;If you need more info, provide some more detail about your usage context and I can help better.</div>
<div><br>
</div>
<div>--Eric</div>
<br>
<div apple-content-edited="true"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 16px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-align: auto; -khtml-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -apple-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; ">
<p style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px"><font face="Helvetica" size="5" style="font: 16.0px Helvetica"><span class="Apple-converted-space">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span></span>Eric Pettersen</font></p>
<p style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px"><font face="Helvetica" size="5" style="font: 16.0px Helvetica"><span class="Apple-converted-space">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span></span>UCSF Computer Graphics Lab</font></p>
<p style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px"><font face="Helvetica" size="5" style="font: 16.0px Helvetica"><span class="Apple-converted-space">&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;</span><a href="http://www.cgl.ucsf.edu">http://www.cgl.ucsf.edu</a></font></p>
<br class="Apple-interchange-newline">
</span></div>
<br>
</div>
</blockquote>
</body>
</html>