
<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=iso-8859-1"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div dir="ltr" style="font-family: Helvetica; font-size: medium; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div style="font-size: 12pt; background-color: rgb(255, 255, 255); font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; position: static; z-index: auto; "><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; "><span style="font-size: 12pt; ">My current "strange" problem:</span></div><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; "><br></div><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; ">I use APBS stand-alone to generate electrostatic potential for a protein in PQR format. What I do is to ask for output in UHBD (GRD not DX) format. Unfortunately, the generated GRD file is not read by CHIMERA, which upsets me... Strange, but VMD seems to be less sensitive to the GRD generated with APBS to visualize the map.<br></div><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; "><br></div><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; ">Another point:<br></div><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; ">I am very glad that CHIMERA computes potential. Do you think one could save it not only in DX format? Maybe you could suggest me a way to convert DX to UHBD format?<br></div><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; "><br></div><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; ">Thank you!<br></div><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; ">Have a lovely working day!<br></div><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; "><br></div><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; ">Greetings,<br></div><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; ">Anna<br></div><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; "><br></div><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; ">---<br></div><div><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; "><br></div><div class="BodyFragment"><font size="2"><div class="PlainText">Dr. Anna Feldman-Salit<br><br>Molecular and Cellular Modeling (MCM) Group<br>HITS gGmbH, Schloß-Wolfsbrunnenweg 35<br>69118 Heidelberg, Germany<br>phone: +49-6221-533-260<br>fax: +49 6221 533298</div></font></div></div></div></div></body></html>