<div dir="ltr"><div>Hello,</div><div><br></div><div>I am modifying some Ringer files for my own needs, but I am running into a weird issue. If I run Ringer via typical means:</div><div><br></div>$RINGER/ringer/ringer -i ringer_in_${pdb_ID}.txt -o ringer_out_${pdb_ID}.txt<div><br></div><div>it works fine. However, when I step through it in what I think is my version of IDLE (&quot;$CHIMERA_HOME/bin/chimera --nogui --nostatus --script `which idle2.7`</div>








<div>/usr/bin/idle2.7&quot;, with `which idle2.7` returning &quot;/usr/bin/idle2.7&quot;), I run into this error:</div><div><br></div><div>Traceback (most recent call last):</div><div>  File &quot;/Users/av376/ringer-2.0/ringer/main_copy.py&quot;, line 233, in &lt;module&gt;</div><div>    main()</div><div>  File &quot;/Users/av376/ringer-2.0/ringer/main_copy.py&quot;, line 161, in main</div><div>    move_set, pdb = structureFile(parameters, path)</div><div>  File &quot;/Users/av376/ringer-2.0/ringer/main_copy.py&quot;, line 65, in structureFile</div><div>    pdb = chimera.openModels.open(parameters.pdbfileName)</div><div>  File &quot;/Applications/Chimera.app/Contents/Resources/share/chimera/__init__.py&quot;, line 1817, in open</div><div>    checkForChanges=False, noprefs=noprefs)</div><div>  File &quot;/Applications/Chimera.app/Contents/Resources/share/chimera/__init__.py&quot;, line 1644, in add</div><div>    makePseudoBondsToMetals(realMolecules)</div><div>  File &quot;/Applications/Chimera.app/Contents/Resources/share/chimera/__init__.py&quot;, line 1961, in makePseudoBondsToMetals</div><div>    cmPBG = mol.metalComplexGroup(issueHint=True)</div><div>  File &quot;/Applications/Chimera.app/Contents/Resources/share/chimera/__init__.py&quot;, line 119, in _getMetalPbg</div><div>    am.color = preferences.get(MOLECULE_DEFAULT, MOL_COMPLEX_COLOR)</div><div>  File &quot;/Applications/Chimera.app/Contents/Resources/share/chimera/preferences/base.py&quot;, line 608, in get</div><div>    forPrefSave=forPrefSave)</div><div>  File &quot;/Applications/Chimera.app/Contents/Resources/share/chimera/preferences/base.py&quot;, line 179, in get</div><div>    return self._options[name].get(forPrefSave=forPrefSave)</div><div>  File &quot;/Applications/Chimera.app/Contents/Resources/share/chimera/preferences/base.py&quot;, line 80, in get</div><div>    return self.prefToVal(self.value)</div><div>  File &quot;/Applications/Chimera.app/Contents/Resources/share/chimera/tkoptions.py&quot;, line 1229, in _prefToColor</div><div>    return getColorByName(pref)</div><div>  File &quot;/Applications/Chimera.app/Contents/Resources/share/chimera/colorTable.py&quot;, line 87, in getColorByName</div><div>    color = chimera.MaterialColor(r/255.0, g/255.0, b/255.0)</div><div>ValueError: missing default material</div><div><br></div><div>Any suggestions?</div><div><br></div><div>Cheers,</div><div>Alex</div></div>