<style type="text/css">
p{margin:0;padding:0;}
</style>
<div style="color:#000000;font-size:11pt;font-family:Arial;background-color: transparent;">
<p>Dear Chimera users,</p><p>&nbsp;</p><p>I would like to use the MatchMaker utility to superimpose&nbsp;a family of beta peptide conformers&nbsp;calculated through Xplor-NIH.&nbsp;&nbsp;Unfortunately, MatchMaker does not recognize these molecules and tells me the "chains are incompatible".&nbsp; Furthermore, I would like to specify that only certain residues in the beta peptides be used in the global&nbsp;alignment.</p><p>&nbsp;</p><p>I know how to&nbsp;match specific selections in 2&nbsp;models through the Match utility using the command line (<font size="3"><span style="font-family: Arial; font-size: 11pt;">sel #0:</span></font><font face="Times New Roman"><span lang="EN-GB" style="font-family: Arial; font-size: 11pt;">1,2,3,4,5@CB,N,C,CA</span></font><font size="3"><span lang="" style="font-size: 11pt;"><span style="font-family: Arial;"> #1:1,2,3,4,5@CB,N,C,CA and then match sel) but I am unsure how to superimpose all of the models at the same time.&nbsp; </span></span></font><font size="3"><span lang="" style="font-size: 11pt;"><span style="font-family: Arial;">For instance: models #1-20, residues 2-8, atoms C, N, CA, CB.</span></span></font></p><p><font size="3"><span lang="" style="font-size: 11pt;"></span></font>&nbsp;</p><p><font size="3"><span lang="" style="font-size: 11pt;"><span style="font-family: Arial;">If anyone could offer me help on the appropriate syntax I would be grateful.</span></span></font></p><p><font size="3"><span lang="" style="font-size: 11pt;"></span></font>&nbsp;</p><p><font size="3"><span lang="" style="font-size: 11pt;"><span style="font-family: Arial;">Thank you and best regards,</span></span></font></p><p><font size="3"><span lang="" style="font-size: 11pt;"></span></font>&nbsp;</p><p><font size="3"><span lang="" style="font-size: 11pt;"><span style="font-family: Arial;">Russell</span></span></font></p><p><font size="3"><span lang="" style="font-size: 11pt;"></span></font>&nbsp;</p>
</div>
<img id='mailexp' width=0 heigh=0 border=0 src='https://mail.kaist.ac.kr/Mail?act=RECEIPT_CHECK&ukey=547824483fea6469cbbb02ab&userid=rwdriver&mhost=kaist.ac.kr&ahost=d0001'>