<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=iso-8859-1"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div><div>On Nov 20, 2014, at 7:25 AM, Korbin West &lt;<a href="mailto:khwest16@wabash.edu">khwest16@wabash.edu</a>&gt; wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div fpstyle="1" ocsi="0" style="font-family: Helvetica; font-size: medium; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div style="direction: ltr; font-family: Arial; font-size: 10pt; ">Hi,<div><br></div><div>I'm trying to find missing atoms in certain residues. I know they are in the pdb header information, but is there a way I can use Chimera or python script to access this using the command line only? I have a large number of proteins to go through, so checking them all individually is not really efficient.</div></div></div></blockquote><br></div><div>Every Molecule model has a pdbHeaders attribute that is a dictionary whose keys are PDB records types (<i>e.g.</i>&nbsp;"REMARK", "HETNAM") and whose values are lists of text lines for that record type. &nbsp;Here's some sample code that would print out all the REMARK records of each model, prefixed by the model name:</div><div><br></div><div>from chimera import openModels, Molecule</div><div>for m in openModels.list(modelTypes=[Molecule]):</div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>try:</div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">                </span>for rec in m.pdbHeaders["REMARK"]:</div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">                        </span>print m.name, rec</div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>except KeyError:</div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">                </span>print m.name, "has no REMARK records"</div><div><br></div><div>Maybe you can adapt the above into a script that does what you need.</div><div><br></div><div>--Eric</div><br><div apple-content-edited="true">
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px; font-size: 16px; "><p style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px"><font face="Helvetica" size="5" style="font: 16.0px Helvetica"><span class="Apple-converted-space">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span></span>Eric Pettersen</font></p><p style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px"><font face="Helvetica" size="5" style="font: 16.0px Helvetica"><span class="Apple-converted-space">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span></span>UCSF Computer Graphics Lab</font></p><p style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px"><font face="Helvetica" size="5" style="font: 16.0px Helvetica"><span class="Apple-converted-space">&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;</span><a href="http://www.cgl.ucsf.edu">http://www.cgl.ucsf.edu</a></font></p><br class="Apple-interchange-newline"></span>
</div>
<br></body></html>