<div dir="ltr"><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.6666669845581px">Dear Chimera users!</span><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.6666669845581px"><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.6666669845581px"><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.6666669845581px">This timeI&#39;m writing of some automatic script aimed on the embedding of the receptors into the membrane consisted of the pre-equilibrated lipids as well as hole for the protein. The main issue that some of the receptors consist of the bulky PHE or TRP side chains on their surface which are overlap with the lipids atoms.  As the result subsequent MD simulation of these systems is crushed although of long minimization stage prior to it.  I&#39;ll be very thankful if someone provide me with some Chimera&#39;s command for automatic detection of these steric clashes (overlapped atoms) for a given selection (e.g protein and lipids) based on which I&#39;ll be able to write automatic python script. </span><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.6666669845581px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.6666669845581px">Thanks for help,</div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.6666669845581px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.6666669845581px">James</div></div>